若申诉成功，检察院撤销原不起诉决定后，案件将重新进入刑事诉讼程序，后续流程取决于案件所处阶段及具体处理方式。具体分析如下：

1. 案件重新审查起诉阶段
   若申诉成功针对的是检察院作出的存疑不起诉（证据不足不起诉）或相对不起诉（情节轻微不起诉）决定，检察院撤销原决定后，案件将退回补充侦查或直接重新审查起诉。此时：

   • 检察院可能要求公安机关补充证据，若证据充分，将向法院提起公诉；
     
   • 若证据仍不足或情节显著轻微，可能再次作出不起诉决定（但需说明理由，避免程序空转）。
     法律依据：《刑事诉讼法》第175条（补充侦查）、第177条（不起诉决定）。

2. 案件进入审判阶段
   若申诉成功针对的是绝对不起诉（无犯罪事实或符合法定不起诉情形）决定，但法院经审查认为案件应追究刑事责任，可能直接指令检察院提起公诉。此时：

   • 检察院需重新制作起诉书，将案件移送法院；
     
   • 法院将依法开庭审理，被告人可委托律师辩护，控辩双方围绕证据和法律适用展开辩论。
     关键点：绝对不起诉被撤销的情形极为罕见，通常需存在重大程序违法或新证据推翻原结论。

3. 特殊情形：申诉后检察院自行纠错
   若检察院在申诉审查中发现原决定确有错误（如证据采信错误、法律适用错误），可能主动撤销原不起诉决定，并依据《人民检察院刑事诉讼规则》第588条启动内部监督程序，重新指派检察官办理案件。此时：

   • 案件可能退回公安机关补充侦查，或直接由检察院提起公诉；
     
   • 被告人有权申请排除非法证据或要求重新鉴定、勘验。

实务建议：

• 申诉成功后，被告人应第一时间委托律师介入，分析案件证据链是否完整、法律适用是否准确；
  
• 若案件进入审判阶段，需重点审查检察院补充的证据是否达到“确实、充分”标准，避免因证据瑕疵导致错判；
  
• 若检察院再次作出不起诉决定，可依据《刑事诉讼法》第180条向上一级检察院申诉，或通过国家赔偿程序主张权利。
  

如有具体案件细节（如原不起诉类型、申诉理由等），可进一步向我咨询，我将结合证据规则和类案裁判标准提供针对性分析。