设施农用地建设项目发生转包，一般由县级以上地方人民政府农业农村主管部门或自然资源主管部门查处，具体需根据转包行为的性质和造成的后果来确定。以下从不同角度进行分析：
若转包行为主要涉及农业生产经营管理方面：
- 设施农用地本质上仍属于农用地范畴，其使用和管理需遵循农业相关法律法规。当转包行为主要涉及农业生产经营管理的违规，如未经批准擅自转包、转包后改变农业用途等，此时通常由县级以上地方人民政府农业农村主管部门负责查处。农业农村主管部门对农业生产经营活动具有直接的监管职责，能够依据《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规，对违规转包行为进行调查、认定和处理，包括责令改正、罚款等行政处罚措施。
若转包行为涉及土地用途改变或非法占地等：
- 如果转包过程中出现了将设施农用地非法转变为建设用地或其他非农用地的情况，或者存在未经批准非法占用土地进行转包的行为，那么这就涉及到了土地管理和规划方面的违法问题。此时，县级以上地方人民政府自然资源主管部门将作为主要的查处部门。自然资源主管部门负责土地资源的统一管理和监督，对非法占地、改变土地用途等行为具有明确的执法权，可以依据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，对违规转包行为进行查处，包括责令退还土地、拆除地上建筑物、恢复土地原状以及罚款等处罚措施。
若转包行为涉及多重违法或情节严重：
- 在某些情况下，设施农用地建设项目的转包行为可能同时涉及农业生产经营管理和土地管理等多方面的违法问题，或者情节较为严重，如造成土地资源严重破坏、引发社会矛盾等。此时，可能需要农业农村主管部门和自然资源主管部门联合进行查处，或者由上级政府指定相关部门进行协调处理。此外，如果转包行为涉嫌犯罪，如非法转让、倒卖土地使用权罪等，那么还需要将案件移送司法机关依法追究刑事责任。