工程项目层层转包分包，主要由住房和城乡建设部门（住建部门）进行查处。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、查处主体及依据
住建部门：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关法规，住建部门是负责建筑工程市场监管的主要部门，有权对建筑工程的转包、分包行为进行查处。
- 住建部门通过日常监管、专项检查、投诉举报等方式，发现并纠正违法转包、分包行为。
其他相关部门：
- 在某些情况下，如涉及安全生产、劳动保障等问题，安全生产监督管理部门、劳动保障部门等也可能参与查处工作。
- 但这些部门通常是在其职责范围内，对转包、分包行为中涉及的具体问题进行查处，而非全面监管转包、分包行为。
二、查处内容
违法转包：
- 违法转包是指承包单位将其承包的全部工程转包给他人，或者将其承包的全部工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人的行为。
- 住建部门将重点查处这种行为，以维护建筑工程市场的秩序和公平竞争。
违法分包：
- 违法分包是指承包单位违反法律法规规定，将承包工程中的部分工程分包给不具有相应资质条件的单位，或者未经建设单位认可将工程分包给他人，以及将工程主体结构分包给他人的行为。
- 住建部门同样会对这种行为进行严厉查处，以确保建筑工程的质量和安全。
三、查处程序及后果
查处程序：
- 住建部门在发现违法转包、分包行为后，通常会进行立案调查，收集相关证据。
- 根据调查结果，住建部门会依法作出行政处罚决定，如罚款、责令改正、吊销资质证书等。
- 对于涉嫌犯罪的，住建部门还会将案件移送司法机关处理。
法律后果：
- 违法转包、分包行为不仅会导致行政处罚，还可能对承包单位的声誉和信誉造成严重影响。
- 在严重情况下，违法转包、分包行为还可能引发安全事故，导致人员伤亡和财产损失，承包单位将承担相应的法律责任。
四、建议与提醒
遵守法律法规：
- 承包单位应严格遵守《中华人民共和国建筑法》及相关法规，不得进行违法转包、分包行为。
- 在进行工程分包时，应确保分包单位具有相应资质条件，并经过建设单位认可。
加强内部管理：
- 承包单位应加强内部管理，建立健全工程分包管理制度，明确分包范围和条件。
- 定期对分包单位进行资质审查和业绩评估，确保分包工程的质量和安全。
及时咨询与应对：
- 如果承包单位对转包、分包行为存在疑问或面临查处风险，应及时向我咨询，以便得到专业的法律意见和帮助。
- 在面对住建部门的查处时，承包单位应积极配合调查工作，如实提供相关证据和资料，以便尽快解决问题。
如果您在工程项目转包分包方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。