结论：合同范围内已有清单但甲方单独打包招标的行为，其合规合法性需结合具体情况判断，可能存在合法与违法两种情形。以下从不同角度详细分析：
一、可能合法合规的情形
合同约定允许：
- 若原合同中明确约定了甲方有权对合同范围内的部分项目进行单独招标，或者约定了合同变更、补充的具体方式和条件，且甲方此次单独打包招标的行为符合这些约定，那么该行为是合法合规的。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上订立的合同，对双方具有法律约束力。合同中的约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，都是有效的。
项目性质或特殊需求：
- 如果合同范围内的某些项目具有特殊性，如技术复杂、专业性强，或者需要特定的资质、经验等，甲方为了确保项目质量、进度或安全，选择单独打包招标，且这种做法在行业内是普遍接受的，那么该行为也可能被视为合法合规。
- 实际操作：在这种情况下，甲方通常会在招标文件中明确说明单独招标的原因和必要性，以及选择特定供应商或承包商的标准和依据。
二、可能违法违规的情形
违反合同约定：
- 若原合同中未明确约定甲方有权对合同范围内的部分项目进行单独招标，或者甲方的行为违反了合同中的其他约定（如变更程序、补充协议等），那么该行为可能构成违约。
- 法律后果：根据《民法典》的相关规定，违约方需要承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。
规避招标或串通投标：
- 如果甲方单独打包招标的目的是为了规避公开招标程序，或者与特定供应商或承包商串通投标，以损害其他投标人的利益，那么该行为可能构成违法。
- 法律依据：根据《招标投标法》的相关规定，招标人不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇；投标人不得相互串通投标报价，不得排挤其他投标人的公平竞争。
- 法律后果：对于规避招标或串通投标的行为，相关行政主管部门可以给予罚款、没收违法所得、责令停业整顿等行政处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
三、建议与措施
审查合同条款：
- 作为乙方，首先应仔细审查原合同中的相关条款，特别是关于招标、变更、补充等方面的约定，以确定甲方的行为是否违反合同约定。
与甲方沟通协商：
- 如果发现甲方的行为可能存在问题，乙方应及时与甲方进行沟通协商，了解甲方的真实意图和原因，并尝试通过友好协商的方式解决问题。
寻求法律救济：
- 如果沟通协商无果，且乙方的权益受到损害，乙方可以考虑通过法律途径寻求救济，如向法院提起诉讼或向相关行政主管部门投诉举报。
总结：合同范围内已有清单但甲方单独打包招标的行为，其合规合法性需根据具体情况判断。作为乙方，应仔细审查合同条款、与甲方沟通协商，并在必要时寻求法律救济。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。