结论：甲方在决算时以清单重复为由要扣除总价是否合理，需根据具体情况判断，包括合同条款的约定、清单重复的具体情况以及双方在合同履行过程中的行为等。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的约定
若合同明确约定了包干总价且未提及清单重复问题：
- 在这种情况下，甲方在决算时以清单重复为由扣除总价，通常是不合理的。因为包干总价意味着双方已经就工程或服务的总价达成了一致，除非合同中有特别约定或存在欺诈、胁迫等法定情形，否则甲方无权单方面改变总价。
若合同中有关于清单重复处理的条款：
- 如果合同中明确规定了清单重复时的处理方式，如扣除重复部分或进行其他调整，那么甲方在决算时按照合同条款执行，扣除总价可能是合理的。但前提是甲方能够证明清单确实存在重复，且重复部分确实影响了总价的计算。
二、清单重复的具体情况
清单确实存在重复：
- 如果经过核实，清单中确实存在重复的项目或内容，且这些重复部分确实被计入了总价，那么甲方在决算时提出扣除重复部分的总价，从公平合理的角度出发，是有一定道理的。但甲方需要提供充分的证据证明清单的重复性以及重复部分对总价的影响。
清单不存在重复或重复部分未计入总价：
- 如果清单并不存在重复，或者重复部分并未被计入总价，那么甲方在决算时以清单重复为由扣除总价，显然是不合理的。甲方可能构成违约，需要承担相应的法律责任。
三、双方在合同履行过程中的行为
甲方在合同履行过程中未提出异议：
- 如果甲方在合同履行过程中，包括清单的编制、审核、确认等环节，均未对清单的重复性提出异议，那么在决算时突然提出扣除总价，可能被视为对之前行为的反悔，从诚信原则出发，这种行为可能不被支持。
甲方在合同履行过程中已提出异议但未得到解决：
- 如果甲方在合同履行过程中已经发现了清单的重复性，并提出了异议，但双方未能就如何处理达成一致意见，那么在决算时，甲方再次提出扣除总价，可能需要根据双方协商的结果或法院的判决来确定是否合理。
四、法律建议
核实清单的重复性：
- 双方应首先核实清单是否存在重复，以及重复部分对总价的影响。这可能需要专业的审计或评估机构进行介入。
审查合同条款：
- 双方应仔细审查合同条款，特别是关于包干总价、清单编制、审核、确认以及决算等方面的条款，以确定双方的权利和义务。
协商解决：
- 在核实清单重复性和审查合同条款的基础上，双方应尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决。
保留证据：
- 无论双方选择何种解决方式，都应保留好相关证据，如合同、清单、往来函件、会议纪要等，以备不时之需。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。