在固定总价合同中，若发现清单项重复，可按以下方式处理：

1. 合同解释与条款审查
   首先需审查合同条款，尤其是关于“固定总价”的定义、清单项的编制规则及争议解决机制。若合同明确约定清单项为“唯一且不重复”，且重复项属于承包人编制错误，则发包人有权要求扣除重复部分价款；若合同未明确约定，则需结合行业惯例（如《建设工程工程量清单计价规范》）判断重复项是否应计入总价。
   法律依据：根据《民法典》第142条，有相对人的意思表示解释，应当按照所使用的词句，结合相关条款、行为的性质和目的、习惯以及诚信原则，确定意思表示的含义。

2. 重复项的性质认定

   • 技术性重复：若重复项因清单编制疏漏导致（如同一项目在不同分部工程中重复列项），且实际工程量未增加，则发包人可主张扣除重复价款；
     
   • 实质性重复：若重复项涉及不同工作内容或材料规格（如“墙面涂料”与“墙面乳胶漆”被误列为两项），则需通过工程量核对、施工记录等证据，判断是否为独立计价项。
     实务建议：立即固定证据（如合同附件、招标文件、施工图纸），通过书面函件要求对方确认重复项的处理方式，避免口头协商导致举证困难。

3. 变更与索赔程序
   若重复项因设计变更或发包人指令导致，承包人应按合同约定的变更程序（如《建设工程施工合同（示范文本）》第10.1条）提出价款调整申请，附重复项对比表、工程量计算书等证据；若发包人拒绝调整，承包人可在结算阶段主张“情势变更”或“显失公平”，但需承担较高举证责任。
   风险提示：固定总价合同下，承包人通常需自行承担工程量计算风险，除非能证明重复项系发包人故意隐瞒或重大误解导致。

4. 争议解决路径

   • 协商：优先通过补充协议明确重复项处理方式，避免诉讼成本；
     
   • 调解/仲裁：若合同约定仲裁条款，可向约定仲裁机构申请裁决；
     
   • 诉讼：向法院起诉时，需围绕“重复项是否影响合同目的实现”“双方过错程度”等焦点举证，建议委托造价鉴定机构出具专业意见。
     

总结：清单项重复的处理需结合合同条款、重复性质及证据情况综合判断。建议立即暂停支付进度款，委托专业律师审核合同并制定应对策略，避免因处理不当导致价款损失。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款及证据材料。