中标后发现甲方给的清单重复，首先应当明确的是，这属于合同履行过程中的问题，需要依据合同条款以及相关法律法规来处理。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、合同条款审查
查看合同条款：
- 仔细审查中标合同中关于工程量清单、工程范围、计价方式等关键条款，确认是否有关于清单重复或错误处理的明确约定。
- 如果合同中有明确约定，如“清单错误由甲方负责修正并承担相应费用”，则应按照合同约定执行。
合同无明确约定时的处理：
- 若合同未明确约定清单重复的处理方式，则需依据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规来处理。
- 根据《民法典》的相关规定，当事人应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。甲方提供的清单重复，可能构成违约或履行瑕疵，乙方有权要求甲方进行修正或承担相应责任。
二、与甲方沟通协商
及时沟通：
- 一旦发现清单重复，应立即与甲方进行沟通，说明情况，并要求甲方进行修正或提供书面确认。
- 沟通时，应保留好书面记录，如邮件、微信聊天记录等，以备后续可能出现的争议。
协商解决方案：
- 与甲方协商确定修正清单的具体方式，如重新提供清单、签署补充协议等。
- 协商过程中，可以提出因清单重复可能导致的工期延误、费用增加等损失，要求甲方给予合理补偿。
三、法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果甲方拒绝修正清单或拒绝承担相应责任，乙方有权依据合同和法律法规向甲方主张权利，包括要求修正清单、赔偿损失等。
- 在极端情况下，如果甲方行为构成严重违约，乙方甚至有权解除合同并要求甲方承担违约责任。
风险防范：
- 在签订合同时，应尽可能明确约定清单错误或重复的处理方式，以减少后续争议。
- 在履行合同过程中，应定期对工程量清单进行核对和确认，及时发现并解决问题。
- 保留好所有与合同履行相关的证据和资料，以备不时之需。
四、实际操作建议
书面确认：
- 无论与甲方沟通协商的结果如何，都应要求甲方提供书面确认，明确清单重复的处理方式和责任承担。
专业咨询：
- 如果对清单重复的处理方式存在疑问或担忧，可以寻求专业律师或造价咨询机构的帮助，以确保自身权益得到保障。
总结来说，中标后发现甲方给的清单重复，应首先审查合同条款，然后与甲方沟通协商解决方案，并注意法律后果与风险防范。如有需要，可以寻求专业咨询以确保自身权益。如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。