结论：在总价包干合同中，若甲方提供的工程量多于实际应完成的工程量，结算时是否会扣掉多出的部分，需根据合同的具体条款、双方约定以及实际履行情况来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确性：

   • 若合同中有明确约定：例如，合同中明确规定了工程量的计算方式、结算方式以及对于工程量差异的处理原则，那么双方应严格按照合同约定执行。如果合同约定了工程量超出部分不予结算或按实际完成量结算，那么甲方在结算时有权扣掉多出的部分。
   • 若合同中无明确约定：则双方可能需要根据行业惯例、交易习惯或公平原则来协商解决。在此情况下，如果乙方能够证明多出的工程量并非由于其自身原因造成，且甲方在合同履行过程中未提出异议，那么乙方可能有权要求按照实际完成的工程量进行结算。

2. 实际履行情况：

   • 乙方是否提出异议：在合同履行过程中，如果乙方发现甲方提供的工程量多于实际应完成的工程量，应及时向甲方提出异议，并协商解决方案。如果乙方未提出异议，且按照甲方提供的工程量进行了施工，那么在结算时，甲方可能以乙方未提出异议为由，主张按照提供的工程量进行结算。
   • 甲方是否认可：即使合同中没有明确约定，如果甲方在结算时认可多出的工程量，并愿意按照实际完成的工程量进行结算，那么双方可以达成一致意见，无需扣掉多出的部分。

3. 法律原则的应用：

   • 公平原则：在合同没有明确约定且双方无法协商一致的情况下，法院或仲裁机构可能会根据公平原则来裁决。如果多出的工程量对乙方来说并未增加额外的成本或风险，且甲方因此获得了不当利益，那么法院或仲裁机构可能会判决甲方扣掉多出的部分或给予乙方一定的补偿。
   • 诚实信用原则：双方在合同履行过程中应遵循诚实信用原则。如果甲方故意提供多于实际应完成的工程量，以获取不当利益，那么这种行为可能构成欺诈或违约，乙方有权要求甲方承担相应的法律责任。

建议：

• 审查合同条款：首先，双方应仔细审查合同条款，特别是关于工程量的计算方式、结算方式以及对于工程量差异的处理原则等条款。
• 协商解决：如果合同中没有明确约定或双方对条款的理解存在争议，建议双方通过协商来解决。在协商过程中，双方可以充分表达自己的意见和诉求，并寻求共同的利益点。
• 寻求法律帮助：如果双方无法协商一致，且争议较大，建议寻求专业的法律帮助。律师可以根据合同的具体条款、双方约定以及实际履行情况，为双方提供专业的法律意见和解决方案。

后续行动：若您面临此类问题，且合同条款不明确或双方存在争议，建议您直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律分析和建议。