结论：甲方在工程招标前，由于特殊原因将清单中一部分工程施工完毕，这一行为是否违规，需结合具体情况判断，若该行为影响了招标的公正性或违反了相关法律法规的强制性规定，则可能构成违规。以下从不同角度进行分析：
一、从招标公正性角度分析
若甲方施工行为未影响招标公正性：
- 如果甲方在招标前施工的部分工程，并未对后续的招标过程产生实质性影响，比如该部分工程并非招标项目的核心部分，或者甲方能够确保所有潜在投标人均能公平地获取相关信息，并有机会参与竞争，那么甲方的行为可能不构成违规。
若甲方施工行为影响了招标公正性：
- 如果甲方施工的部分工程，使得招标条件、评标标准等发生了有利于甲方的变化，或者甲方通过施工行为获取了其他潜在投标人无法获取的信息，从而影响了招标的公正性，那么甲方的行为可能构成违规。这种情况下，可能违反了《中华人民共和国招标投标法》中关于招标公正性、透明度的相关规定。
二、从法律法规强制性规定角度分析
若甲方行为违反了法律法规的强制性规定：
- 如果相关法律法规明确规定，在招标前不得进行部分工程的施工，或者对招标前的施工行为有严格的限制条件，而甲方未遵守这些规定，那么甲方的行为构成违规。例如，某些特定类型的工程项目，可能要求必须整体招标，不得分割招标或提前施工。
若甲方行为未违反法律法规的强制性规定：
- 如果相关法律法规并未对招标前的施工行为作出明确限制，或者甲方施工的行为符合法律法规的例外情形，那么甲方的行为可能不构成违规。但即便如此，甲方仍需确保其行为不会损害其他潜在投标人的合法权益，不会破坏招标的公正性和竞争性。
三、法律建议与风险提示
- 对于甲方：在进行招标前的任何施工行为时，应谨慎评估其行为是否可能影响招标的公正性，并确保遵守相关法律法规的强制性规定。如有必要，可提前咨询专业律师或相关监管部门，以避免潜在的法律风险。
- 对于潜在投标人：如果发现甲方在招标前存在违规施工行为，且该行为可能影响了招标的公正性，可及时向相关监管部门投诉或举报，以维护自身的合法权益。
总结：甲方在工程招标前施工部分工程的行为是否违规，需结合具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。