应发工资通常不包含员工罚款，罚款应从实发工资中扣除。以下从不同角度进行分析：

1. 从工资构成角度
   应发工资是劳动者在提供正常劳动后，根据劳动合同约定和法律规定应获得的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等。员工罚款是用人单位对劳动者违反规章制度或造成经济损失的处罚，属于对劳动者已取得劳动报酬的扣减，因此不应包含在应发工资中，而应从实发工资（应发工资扣除罚款、社保、个税等后的金额）中扣除。

2. 从法律规范角度
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这表明罚款是事后扣减项目，而非应发工资的组成部分。

3. 从实务操作角度
   用人单位在计算工资时，应先确定应发工资总额，再根据规章制度或劳动合同约定扣除罚款、社保、个税等项目，最终得出实发工资。若将罚款计入应发工资，可能导致工资结构混乱，甚至违反最低工资标准规定（如扣除后实发工资低于最低工资）。

建议：

• 用人单位应在规章制度中明确罚款的适用情形、标准及程序，并经民主程序公示或告知劳动者，否则可能因程序违法导致罚款无效。
  
• 劳动者若对罚款有异议，可要求用人单位提供书面处罚依据，或通过劳动仲裁主张权利。
  

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