医院从医疗室公共卫生费直接扣保证金5000元的行为，在大多数情况下是不合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同与协议角度：

   • 如果医院与医疗室之间存在明确的合同或协议，且该合同或协议中明确规定了保证金的相关条款，包括保证金的数额、扣取条件、退还方式等，那么医院在符合合同或协议约定的情况下扣取保证金可能是合法的。但即便如此，医院也应当确保扣取保证金的行为符合合同或协议的具体规定，并且不得违反相关法律法规的强制性规定。
   • 若合同或协议中未明确规定保证金条款，或者规定不明确，医院则无权单方面扣取保证金。此时，医院的行为可能构成违约或侵权，医疗室有权要求医院返还被扣取的保证金，并可能要求医院承担相应的法律责任。

2. 法律法规角度：

   • 根据我国相关法律法规的规定，医院作为医疗机构，其收费行为应当严格遵守国家价格政策和收费标准，不得擅自设立收费项目或提高收费标准。保证金作为一种特殊的费用形式，其设立和扣取也应当符合相关法律法规的规定。
   • 除非有明确的法律法规依据，否则医院无权从医疗室公共卫生费中直接扣取保证金。如果医院的行为违反了相关法律法规的规定，医疗室可以向相关部门投诉或举报，要求医院纠正违法行为并返还被扣取的保证金。

3. 实际操作与合理性角度：

   • 即使医院与医疗室之间存在关于保证金的合同或协议，且该合同或协议符合相关法律法规的规定，医院在扣取保证金时也应当遵循合理、公正、透明的原则。医院应当向医疗室明确说明扣取保证金的原因、数额和依据，并确保医疗室对扣取保证金的行为有充分的了解和认可。
   • 如果医院未经医疗室同意或未按照合同或协议约定扣取保证金，或者扣取保证金的数额明显不合理，医疗室有权提出异议并要求医院返还被扣取的保证金。

建议与行动：

• 医疗室应当首先审查与医院之间的合同或协议，明确保证金的相关条款和规定。
• 如果合同或协议中未明确规定保证金条款或规定不明确，医疗室可以与医院进行协商，要求医院返还被扣取的保证金或明确保证金的相关条款。
• 如果协商无果或医院的行为违反了相关法律法规的规定，医疗室可以向相关部门投诉或举报，要求医院纠正违法行为并返还被扣取的保证金。同时，医疗室也可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。