结论：投标保证金直接扣除招标代理费是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，未经投标人同意，招标人不得擅自将投标保证金用于抵扣招标代理费。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度
投标保证金的性质与用途：
- 投标保证金是投标人按照招标文件要求向招标人出具的，以一定金额表示的投标责任担保。
- 其主要目的是确保投标人在投标有效期内不撤回投标文件，中标后按照招标文件和投标文件的约定与招标人签订书面合同，并履行相关义务。
- 投标保证金并非招标人的收入，其所有权仍属于投标人，只是在特定条件下（如投标人违约）可能被招标人没收或扣除。
招标代理费的性质与支付：
- 招标代理费是招标人因委托招标代理机构进行招标活动而支付的费用。
- 该费用应由招标人承担，并按照招标代理机构与招标人之间的合同约定支付。
擅自扣除的合法性：
- 除非招标文件或相关法律法规明确规定，且投标人同意，否则招标人不得擅自将投标保证金用于抵扣招标代理费。
- 擅自扣除可能构成对投标人财产权的侵犯，投标人有权要求招标人返还被扣除的保证金，并可能追究招标人的法律责任。
二、合同角度
招标文件与投标文件的约定：
- 招标文件应明确投标保证金的提交、退还及扣除条件。
- 投标文件应响应招标文件的要求，明确投标人的权利和义务。
- 若招标文件或投标文件中未明确约定投标保证金可用于抵扣招标代理费，则招标人擅自扣除缺乏合同依据。
双方协商与同意：
- 若招标人希望将投标保证金用于抵扣招标代理费，应事先与投标人进行协商，并取得投标人的明确同意。
- 未经协商或同意，招标人不得单方面作出决定。
三、实践角度
行业惯例与做法：
- 在实践中，投标保证金与招标代理费通常是分开处理的。
- 投标保证金在投标有效期结束后或中标人签订合同后，应按照招标文件的规定及时退还。
- 招标代理费则由招标人按照与招标代理机构的合同约定支付。
风险防范与建议：
- 投标人在参与招标活动时，应仔细阅读招标文件，了解投标保证金的提交、退还及扣除条件。
- 若对招标文件中的相关条款有疑问或异议，应及时向招标人提出并寻求解答。
- 招标人应严格遵守相关法律法规和招标文件的规定，不得擅自扣除投标保证金用于其他用途。
总结与建议：投标保证金直接扣除招标代理费是否合法，需根据招标文件、相关法律法规以及双方之间的合同约定来判断。一般情况下，未经投标人同意，招标人不得擅自将投标保证金用于抵扣招标代理费。若您遇到此类问题，建议首先查阅招标文件和相关法律法规，了解具体规定；如有必要，可向我进一步咨询，以便更好地维护您的合法权益。