中标人支付招标代理费时不能直接扣除保证金，两者应分别处理。以下是对此问题的详细分析：
一. 中标人支付招标代理费的依据
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第十二条，招标人有权自行选择招标代理机构，并委托其办理招标事宜。这意味着招标代理费是招标人与招标代理机构之间的服务费用，应由招标人根据双方约定支付。
二. 投标保证金的退还
- 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十一条，如果招标人终止招标，或者在中标人确定后，应及时退还所收取的投标保证金及银行同期存款利息。这表明投标保证金是独立于招标代理费的一项费用，其退还与招标代理费的支付无直接关联。
三. 两者应分别处理
- 中标人支付招标代理费是其作为中标者的义务之一，但这并不构成其可以直接扣除投标保证金的理由。
- 投标保证金的退还则是招标人在招标活动结束后应履行的义务，与招标代理费的支付应分别进行，不应相互抵扣。
我建议：在实际操作中，中标人应按时支付招标代理费，而招标人也应在中标人确定后及时退还投标保证金。两者应分别处理，避免混淆或相互抵扣。如有进一步需要，您可以继续咨询我。