扣除的投标保证金，其归属主要取决于投标人是否违反招标文件规定或存在违约行为，以及招标文件中的具体约定。以下是对此问题的详细分析：
投标人未违反规定或未违约的情况：
- 在这种情况下，如果投标人未中标，或者中标后按照招标文件的要求签订了合同并履行了相关义务，那么其缴纳的投标保证金应当予以退还。退还的主体通常是招标人或受其委托的招标代理机构，具体取决于招标文件中关于保证金收取主体的约定。
投标人违反规定或存在违约行为的情况：
- 如果投标人在投标过程中违反了招标文件的规定，或者中标后未能按照招标文件的要求签订合同或履行义务，那么招标人有权根据招标文件的规定扣除其投标保证金作为违约金或损失赔偿。此时，扣除的投标保证金将归招标人所有，用于弥补因投标人违约行为而给招标人造成的损失。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据相关法律法规及招标文件的规定，招标保证金的主要目的是为了保证投标人能够按照招标文件的要求参与投标并履行合同。它作为一种经济约束手段，能够促使投标人严肃对待投标活动，减少违约行为的发生。因此，在投标人违反规定或存在违约行为时，招标人有权扣除其投标保证金。
- 建议：对于投标人而言，在参与招标活动前，务必仔细阅读招标文件中关于招标保证金的相关规定，了解清楚收取主体、金额、缴纳方式、退还条件和时间等关键信息。同时，投标人应严格遵守招标文件的规定，按照要求参与投标并履行合同义务，以避免因违约行为而导致投标保证金被扣除。如果投标人对招标文件中的相关规定存在疑问或不解，建议及时联系招标人或其代理机构进行咨询，以避免因误解或疏忽而导致不必要的经济损失。
可能存在的特殊情况：
- 在某些特殊情况下，如招标文件未明确规定扣除保证金的具体情形或金额，或者招标人与投标人之间就保证金扣除问题存在争议时，双方可以通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。此时，建议投标人及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
综上所述，扣除的投标保证金的归属取决于投标人是否违反招标文件规定或存在违约行为以及招标文件中的具体约定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。