扣除的投标保证金归属问题，需根据具体情况来判断，一般有以下两种情况：
若投标人存在违约行为：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，投标保证金是为了确保投标人在招标过程中遵守相关规定和承诺而设立的。如果投标人在投标过程中存在违约行为，如撤回投标文件、中标后拒绝签订合同等，招标人有权扣除其投标保证金作为违约赔偿。
- 在这种情况下，扣除的投标保证金通常归招标人所有，用于弥补因投标人违约而给招标人造成的损失。
若招标人存在不当行为或合同另有约定：
- 如果招标人在招标过程中存在不当行为，如违规操作、未按照招标文件规定的时间或方式退还投标保证金等，投标人有权要求招标人退还投标保证金，并可能要求招标人承担相应的违约责任。
- 另外，如果招标文件或合同中另有约定，如约定在特定情况下投标保证金应退还或部分退还给投标人，那么应按照约定执行。
- 在这些情况下，扣除的投标保证金可能并不归招标人所有，而是需要根据实际情况进行退还或处理。
法律建议：
- 对于投标人而言，在参与招标前应仔细阅读招标文件，了解投标保证金的缴纳、退还及扣除等相关规定，确保自己的权益不受损害。
- 如果发生投标保证金被扣除的情况，投标人应首先与招标人进行沟通协商，了解扣除的具体原因和依据。如果认为招标人的扣除行为不当或存在违约行为，可以依法向相关部门投诉或提起诉讼。
- 对于招标人而言，应严格按照招标文件和相关法律法规的规定操作，确保投标保证金的缴纳、退还及扣除等流程合法合规。避免因不当行为而引发纠纷或承担法律责任。
可能后果：
- 如果投标人或招标人违反相关法律法规或招标文件的规定，可能会面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。
- 因此，在处理投标保证金问题时，双方都应谨慎行事，确保自己的行为合法合规。
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