结论：关于投标保证金60000元退还30000元，剩余30000元开招标代理费发票是否合法的问题，这主要取决于招标方与投标方之间的约定以及相关法律法规的规定。若双方有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则此行为可能是合法的；若双方无明确约定或约定违反法律法规，则此行为可能不合法。以下是对此问题的详细分析：
一、双方有明确约定的情况
合同自由原则：
- 在民事法律关系中，合同自由原则是一项基本原则。这意味着，只要双方当事人的约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，他们的约定就是有效的。
- 如果招标方与投标方在招标文件或相关协议中明确约定了投标保证金的退还方式，包括部分退还和部分转化为其他费用（如招标代理费）的情况，且该约定符合法律法规的规定，那么这种行为就是合法的。
发票开具的合规性：
- 招标方在收取招标代理费后，应当按照税法规定开具正规的发票。这是招标方的法定义务，也是保障投标方合法权益的重要措施。
- 如果招标方能够按照约定开具正规的招标代理费发票，且发票内容真实、准确，那么这种行为在税务方面也是合法的。
二、双方无明确约定或约定违反法律法规的情况
无明确约定：
- 如果招标方与投标方在招标文件或相关协议中没有明确约定投标保证金的退还方式，或者约定不明确，那么招标方单方面决定将部分投标保证金转化为招标代理费的行为可能缺乏合法依据。
- 在这种情况下，投标方有权要求招标方按照原约定或相关法律法规的规定退还全部投标保证金。
约定违反法律法规：
- 如果招标方与投标方的约定违反了法律法规的强制性规定，如违反了《招标投标法》、《合同法》等相关法律法规的规定，那么这种约定是无效的。
- 在这种情况下，招标方将部分投标保证金转化为招标代理费的行为也是不合法的，投标方有权要求招标方承担相应的法律责任。
三、法律建议
审查招标文件和相关协议：
- 投标方在参与招标活动前，应当仔细审查招标文件和相关协议，了解投标保证金的退还方式和其他相关条款。
- 如果发现招标文件或相关协议中存在不明确或违法的条款，投标方应当及时与招标方沟通协商，必要时可以寻求法律帮助。
保留相关证据：
- 投标方在参与招标活动过程中，应当保留好与招标方之间的所有往来函件、支付凭证等相关证据。
- 这些证据在后续可能发生的纠纷中将成为重要的维权依据。
及时维权：
- 如果投标方发现招标方存在违法行为或违反约定的情况，应当及时向招标方提出异议，并要求其纠正。
- 如果招标方拒绝纠正或无法联系到招标方，投标方可以向相关监管部门投诉举报，必要时可以通过法律途径维护自己的合法权益。
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