您好，关于您提出的“员工在眼镜公司是否可以拒绝给毕业证验光证办理医疗器械许可证”的问题，这涉及到眼镜公司经营隐形眼镜及护理液等第三类医疗器械的合规性问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《医疗器械监督管理条例》等相关法律法规要求，“隐形眼镜”及隐形眼镜护理液属于第三类医疗器械，经营者必须办理《医疗器械经营许可证》才能开展相关经营活动。这是法律对眼镜公司经营此类产品的明确要求，也是保障市民戴镜安全的重要措施。

接下来，针对您的问题，员工在眼镜公司是否可以拒绝提供毕业证和验光证以办理医疗器械许可证，这实际上涉及到员工个人证件与公司经营合规性的关系。从法律角度来说，员工个人证件（如毕业证、验光证等）是员工个人资质和能力的证明，但并非直接用于公司办理医疗器械许可证的法定材料。公司办理医疗器械许可证需要的是符合法律法规要求的经营场所、设施设备、质量管理人员等条件，以及相关的申请文件和资料。

然而，在实际操作中，眼镜公司可能会要求员工提供相关证件作为公司资质审核或人员配置的一部分，以确保公司具备经营第三类医疗器械的合法性和合规性。但这并不意味着员工必须无条件提供这些证件，或者这些证件的提供直接等同于公司办理医疗器械许可证的法定条件。

如果员工对提供证件存在疑虑或担忧，建议员工与公司进行充分沟通，了解公司要求提供证件的具体原因和用途，并确认这些要求是否符合法律法规和公司规章制度。同时，员工也有权保护自己的个人隐私和信息安全，避免将个人证件用于非法或不正当用途。

最后，需要强调的是，眼镜公司作为经营者，必须严格遵守相关法律法规要求，确保经营活动的合法性和合规性。如果公司未取得《医疗器械经营许可证》而擅自经营第三类医疗器械，将面临严重的法律后果，包括罚款、停产停业、吊销许可证等。因此，公司应该积极履行主体责任，按照法律法规要求规范经营行为，而不是依赖员工个人证件来规避法律监管。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或疑虑，欢迎随时向我提问。