职工完全有权拒绝将毕业证书和验光证（若该证与医疗器械操作相关且非个人自愿提供）等个人证件原件交给公司用于办理医疗器械许可证。以下是对此问题的详细解答：

一、法律法规依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》的明确规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这一规定同样适用于毕业证书、验光证等个人证件。因此，从法律层面讲，职工有权拒绝公司扣押其个人证件原件的要求。

二、证件扣押的风险

1. 个人信息泄露风险：个人证件原件包含大量敏感信息，如身份证号、学历信息等。一旦这些信息被不法分子获取，可能会被用于非法活动，给职工带来不必要的麻烦和损失。

2. 证件遗失或损坏风险：将证件原件交给公司保管，存在证件遗失或损坏的风险。一旦发生这种情况，职工可能需要花费大量时间和精力去补办证件，甚至可能因此错过重要的工作机会。

3. 权益受损风险：如果公司利用职工的证件原件进行非法活动，如违规办理医疗器械许可证等，职工可能会因此承担法律责任，甚至面临罚款、拘留等处罚。

三、针对公司办理医疗器械许可证的特定情况

1. 公司资质要求：办理医疗器械许可证需要公司具备相应的资质和条件，包括拥有合格的医疗器械操作人员等。然而，这并不意味着公司可以扣押职工的个人证件原件作为办理许可证的条件。

2. 合法合规途径：公司可以通过合法合规的途径来验证职工的资质和条件，如要求职工提供证件的复印件或影印件，并在合适位置注明具体用途。同时，公司也可以要求职工提供相关的培训证书、工作经历证明等材料来证明其具备操作医疗器械的能力。

3. 职工权益保护：如果公司坚持要求职工提供证件原件，职工有权向劳动监察部门举报公司的违法行为。劳动监察部门将会对公司进行调查处理，并保护职工的合法权益。

四、建议与措施

1. 与公司沟通：职工可以与公司进行沟通，明确表达自己的立场和担忧，要求公司通过合法合规的途径来验证其资质和条件。

2. 保留证据：如果公司坚持要求职工提供证件原件，职工可以保留相关证据（如聊天记录、邮件等），以备不时之需。

3. 寻求法律援助：如果职工的权益受到侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并采取相应的法律措施来维护自己的权益。

综上所述，职工有权拒绝将个人证件原件交给公司用于办理医疗器械许可证。公司应该通过合法合规的途径来验证职工的资质和条件，并保护职工的合法权益。