结论：在仅计划再工作一年便辞职的情况下，是否将证书和毕业证交给公司办理营业医疗器械许可证，需谨慎考虑。一般情况下，不建议轻易将此类重要证件交予公司，除非有充分的法律保障和信任基础。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
证件性质与用途：
- 证书和毕业证是个人学历和专业技能的证明，具有极高的个人属性。
- 营业医疗器械许可证是公司开展相关业务的法定资质，其办理应基于公司的实际条件和资质，而非依赖员工的个人证件。
法律风险：
- 将证件交予公司可能涉及证件被滥用、盗用或用于非法活动的风险。
- 若公司因违规操作导致证件被吊销或产生其他法律后果，可能间接影响个人声誉和未来职业发展。
- 根据相关法律法规，个人证件不得随意出借或用于非本人业务范围的活动，否则可能承担法律责任。
法律保障：
- 若公司坚持要求提供证件，应要求公司出具书面说明，明确证件的使用目的、期限及保管责任。
- 双方可签订协议，约定证件的使用范围、归还时间及违约责任等，以保障个人权益。
二、实际角度
工作稳定性与离职计划：
- 既然已计划一年后离职，那么将证件交予公司可能面临离职时证件难以收回的风险。
- 离职时，若公司以各种理由拖延或拒绝归还证件，将给个人带来不必要的麻烦和损失。
公司信誉与信任度：
- 在决定是否交出证件前，应充分评估公司的信誉和信任度。
- 若公司过往有不良记录或存在管理混乱等情况，更应谨慎对待证件的交出。
三、建议与措施
拒绝交出证件：
- 在没有充分法律保障和信任基础的情况下，建议拒绝将证书和毕业证交予公司。
- 可向公司说明证件的重要性及个人顾虑，寻求其他解决方案。
提供复印件或证明文件：
- 若公司确实需要证明个人学历或专业技能，可考虑提供证件的复印件或相关证明文件。
- 复印件上可注明“仅供办理营业医疗器械许可证使用，不得用于其他用途”等字样，以降低风险。
咨询专业律师：
- 若对公司的要求存在疑虑或担忧，可咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 律师可根据具体情况分析法律风险，并提供相应的应对策略。
综上所述，在仅计划再工作一年便辞职的情况下，不建议轻易将证书和毕业证交予公司办理营业医疗器械许可证。应谨慎评估法律风险、实际角度及公司信誉等因素，并采取相应的建议和措施以保障个人权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。