员工考勤不对，用人单位不得直接以此为由克扣工资或采取不利措施，此行为通常不合法。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。劳动者只要实际提供了劳动，就有权获得相应的报酬。考勤记录仅是考勤管理的一种方式，并非判定出勤的唯一标准。
规章制度制定程序：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过民主程序，并与工会或职工代表平等协商确定，同时需公示或告知劳动者。这意味着，即使公司有关于考勤的规章制度，也必须符合法定程序，且内容合法合理。
二、考勤不对的合理性及处理
未打卡的合理性：
- 未打卡可能由多种客观原因导致，如考勤系统故障、忘带打卡设备、因公外出等。在这些情况下，劳动者有权要求公司支付应得工资，并应提供相应证据证明自己正常出勤，如工作成果、同事证言、出差记录等。
公司处理方式：
- 公司不得仅凭未打卡就直接扣工资或采取其他不利措施。若公司怀疑员工未出勤，应首先进行调查核实，如查看监控录像、询问同事等，以确认员工是否实际出勤。
- 若员工能提供证据证明自己正常出勤，公司应支付全额工资，并不得因此给予员工纪律处分。
三、维权途径
沟通协商：
- 若公司以考勤不对为由不支付工资或采取不利措施，劳动者可先与公司沟通协商，要求公司支付应得工资并纠正不当行为。
投诉举报：
- 协商不成时，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理公司的违法行为。
申请劳动仲裁：
- 若投诉举报未果，劳动者还可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在仲裁过程中，劳动者需提供充分证据证明自己正常出勤及公司的不当行为。
四、实际建议
- 保留证据：劳动者应妥善保留与出勤相关的证据，如工作记录、同事证言、出差申请等，以备不时之需。
- 及时沟通：发现考勤不对时，劳动者应及时与公司沟通说明情况，避免误解和纠纷的产生。
- 了解法律：劳动者应了解自己的劳动权益和法律法规，以便在权益受到侵害时能够及时维权。
总结来说，员工考勤不对时，用人单位应依法处理，不得直接扣工资或采取不利措施。劳动者在遇到此类情况时，应保留证据、及时沟通并了解法律，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。