结论：将发改已审批的项目报政府审批同意后通过招标采购代建单位，这一流程本身在合法性上取决于多个因素，包括项目的性质、审批权限的划分、以及相关法律法规的具体规定。在符合相关法律法规和审批程序的前提下，这一流程是合法的。
详细分析：
项目性质与审批权限：
- 不同性质的项目可能涉及不同的审批权限和程序。例如，一些重大基础设施项目或涉及公共利益的项目，可能需要经过多级政府的审批。
- 发改部门（发展和改革委员会）通常负责项目的立项、可行性研究报告的审批等前期工作。而政府审批可能涉及项目的具体实施、资金安排、土地使用等多个方面。
- 如果项目在发改部门审批后，还需要政府进一步审批以明确代建单位的采购方式，且这一审批程序符合相关法律法规的规定，那么这一流程就是合法的。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，政府采购代建单位通常需要通过公开招标的方式进行，以确保公平、公正、公开。
- 如果项目在发改部门审批后，政府审批同意通过招标采购代建单位，且这一招标过程符合《招标投标法》的规定，如招标公告的发布、投标人的资格审查、评标标准的设定等，那么这一流程就是合法的。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，应确保所有审批程序都按照相关法律法规的规定进行，避免出现程序违法的情况。
- 应妥善保存所有审批文件和招标文件，以备后续审计或检查。
- 如果在审批或招标过程中遇到任何问题或争议，应及时咨询专业律师或相关政府部门，以确保流程的合法性和合规性。
可能存在的风险与后果：
- 如果项目在未经政府审批或未按照相关法律法规规定进行招标的情况下就擅自采购代建单位，可能会面临法律风险，如被认定为违法采购、受到行政处罚等。
- 此外，如果招标过程存在不公平、不公正、不公开的情况，如内定中标人、泄露投标信息等，也可能会引发法律纠纷和投诉。
建议：
- 在进行项目审批和招标采购代建单位的过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，确保所有程序的合法性和合规性。
- 如有任何疑问或不确定之处，应及时咨询专业律师或相关政府部门，以获取准确的法律意见和指导。
如果您在项目审批或招标采购代建单位的过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。