代建单位的指定是否合法，需根据具体情况，遵循法律法规、项目性质及合同约定等多方面因素综合确定。以下从不同角度进行详细分析：
法律法规与政策层面
- 在大多数建设项目中，尤其是涉及政府投资、公共利益或国有资金的项目，代建单位的选择应严格遵循法定的招投标程序或其他公平竞争方式。依据《中华人民共和国招标投标法》，对于大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目，以及使用国有资金、国际组织或外国政府贷款、援助资金的项目，达到一定规模标准的，必须进行招标。这一规定旨在确保过程的公开、透明与公平，防止不正当利益输送，保障项目质量与效益，维护公共利益。
- 然而，在特定情况下，如国家安全、抢险救灾等紧急特殊项目，或因保密等特殊要求，直接指定代建单位具有其合理性。这些情况下，由于时间紧迫或保密需要，无法按照常规招投标程序进行，政府或相关部门可能会直接指定具备相应能力和资质的代建单位，以确保项目的迅速实施和国家利益、公共安全的保障。
项目本身与合同约定层面
- 代建单位的指定还需考虑项目本身的性质和需求。对于具有高度专业性、技术复杂性的项目，若只有少数几家单位具备相应的技术能力和经验，业主方可能会基于项目实际需求和对特定单位专业能力的信任，指定代建单位。例如，某些尖端科技研发的实验室建设项目，可能仅由在该领域有深厚技术积累的单位承担。
- 此外，在非强制性招投标的项目中，如果项目业主与相关方在前期合同或协议中明确约定了代建单位的指定方式，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方可按照约定条件指定代建单位。这体现了双方协商一致的原则，同时也强调了合同约定的法律效力。
建议与总结：
- 在实际操作中，应遵循公开、透明、公平的原则，确保代建单位的选择过程合规合法。对于必须进行招标的项目，应严格按照法定程序进行；对于特殊情况下的指定，也应确保符合相关法律法规的规定，并充分考虑项目的实际需求和特殊情况。
- 项目业主在选择代建单位时，务必进行充分的法律审查和风险评估，确保整个过程的合法性与合规性。如有需要，可向我咨询具体的法律问题和操作建议。
综上所述，代建单位的指定并非随意进行，而是需根据具体情况综合确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我提问。