政府代建农村自建房在一定条件下是合法的。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据相关法律法规，政府在某些特定情况下，如为了公共利益、灾后重建、扶贫项目等，可以代建农村自建房。这通常需要遵循一定的程序，包括但不限于规划、审批、资金安排等。
   • 政府代建行为必须严格遵守相关法律法规，确保代建过程的合法性、公正性和透明度。

2. 合法条件：

   • 规划审批：政府代建的农村自建房必须符合当地的城乡规划和土地利用规划，且需经过相关部门的审批。
   • 资金来源：代建项目的资金来源必须合法，且需按照相关规定进行管理和使用。
   • 招投标程序：如果涉及招投标，必须遵循公平、公正、公开的原则，确保代建单位的选定符合法律法规。
   • 合同条款：政府与被代建方之间应签订明确的代建合同，明确双方的权利和义务，以及代建的具体内容、标准、期限等。

3. 注意事项：

   • 政府代建农村自建房时，应充分尊重农民的意愿和需求，确保代建项目符合农民的实际利益。
   • 代建过程中，政府应加强对项目的管理和监督，确保工程质量、安全和进度。
   • 如出现纠纷或争议，应通过法律途径解决，维护双方的合法权益。

综上所述，政府代建农村自建房在符合相关法律法规和程序的前提下是合法的。如果您在具体操作中遇到法律问题或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。