农村合作建房的合法性需分情况讨论，其核心在于是否符合土地管理法规及规划审批要求。以下从不同角度展开分析：

1. 合法情形：符合宅基地使用与规划要求

• 宅基地资格：根据《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且面积不得超过省级标准。若合作建房的各方均为本集体经济组织成员，且符合宅基地申请条件（如无其他宅基地、未出售过住房），则合作建房可能合法。
• 规划审批：合作建房需符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，并取得宅基地使用权证、建设工程规划许可证等审批手续。例如，村民经乡镇政府审核批准后，在原有宅基地或村内空闲地上合作建房，且不占用永久基本农田，则属于合法行为。
• 协议形式：合作建房协议应明确各方权利义务（如宅基地使用、房屋分配、出资比例），并采用书面形式。若协议内容不违反法律强制性规定（如不涉及宅基地非法转让），则具有法律效力。

2. 不合法情形：违反宅基地管理或规划要求

• 非法转让宅基地：根据《土地管理法》，宅基地严禁进入市场交易。若合作建房协议实质上涉及宅基地使用权的有偿转让（如非集体经济组织成员参与建房并分配房屋），则可能被认定为非法转让土地，协议无效。
• 未获审批或违反规划：若合作建房未经乡镇政府审核批准，或未取得建设工程规划许可证，或违反土地利用总体规划（如占用永久基本农田），则属于违法建筑，可能面临拆除或罚款。
• 主体资格不符：若合作建房的参与者中包含非本集体经济组织成员（如城镇居民），则违反宅基地分配的资格限制，相关协议可能因“以合法形式掩盖非法目的”而被认定无效。

3. 法律风险与注意事项

• 产权风险：若合作建房未取得合法产权证明（如不动产权证），则房屋可能无法办理过户、抵押或继承，存在法律纠纷风险。
• 政策限制：部分地区对合作建房有额外限制（如建房面积、层数、风格等），需提前了解当地政策。
• 合规建议：
  1. 确认所有参与者均为本集体经济组织成员，且符合宅基地申请条件。
  2. 依法申请宅基地使用权和建设工程规划许可证。
  3. 签订书面合作建房协议，并建议由律师审核或见证。
  4. 避免向非集体经济组织成员转让宅基地使用权或房屋权益。

4. 典型案例参考

• 合法案例：同一集体经济组织内的三户村民，经乡镇政府批准后，在原有宅基地上合作建房，并签订协议明确房屋分配比例。此类行为符合法律规定，房屋产权清晰。
• 违法案例：城镇居民与农村村民合作建房，约定城镇居民获得部分房屋所有权。因城镇居民无宅基地资格，协议被认定无效，房屋可能被收回。

结论：农村合作建房的合法性取决于是否满足宅基地资格、规划审批及协议合法性等条件。建议在实际操作前咨询专业律师，确保符合所有法律法规要求。若有具体问题，可直接向我咨询。