结论：招标施工合同竣工后，双方同意工程款延期支付的补充协议通常是有效的，且一般不违反招标法的相关规定。不过，其有效性及是否违反招标法还需根据具体情况进行详细分析。

分析如下：

1. 补充协议的有效性：

   • 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，可以就合同内容进行变更或补充。因此，在招标施工合同竣工后，双方就工程款延期支付达成补充协议，是合同自由原则的体现，该补充协议在双方意思表示真实、不违反法律强制性规定的情况下，是有效的。
   • 形式要件：补充协议应当采用书面形式，并由双方签字或盖章确认，以确保其法律效力。

2. 是否违反招标法：

   • 招标法的目的：招标法的主要目的是确保招标投标活动的公开、公平、公正，保护国家利益、社会公共利益和招标投标活动当事人的合法权益。在招标施工合同已经签订并履行完毕后，双方就工程款支付时间进行变更，通常不会影响招标投标活动的公正性和竞争性。
   • 具体情形分析：
     • 如果补充协议仅涉及工程款支付时间的变更，而不涉及合同其他实质性内容的变更：如工程范围、建设工期、工程质量、工程造价等，那么该补充协议一般不会被视为违反招标法。因为招标法主要规范的是招标投标过程中的行为，而合同履行过程中的变更，只要不损害国家利益、社会公共利益和第三人利益，通常是允许的。
     • 如果补充协议涉及合同其他实质性内容的变更：且这种变更未经重新招标或未经原招标人同意，那么该补充协议可能会被视为违反招标法。因为这种情况下，变更可能影响了招标投标活动的公正性和竞争性，损害了其他潜在投标人的利益。

3. 建议：

   • 在签订补充协议前：双方应仔细审查原招标施工合同的内容，确保补充协议不涉及合同其他实质性内容的变更，或者即使涉及变更，也已获得原招标人的同意或已按照相关规定进行了重新招标。
   • 在签订补充协议时：双方应明确约定工程款延期支付的具体时间、方式、利息等条款，以避免后续产生纠纷。
   • 在履行补充协议过程中：双方应严格按照约定履行各自的义务，确保工程款的按时支付和工程的顺利交付。

可能产生的法律后果：

• 如果补充协议被认定为无效，那么双方应恢复原状，即按照原招标施工合同的约定履行工程款支付义务。
• 如果补充协议被认定为违反招标法，那么相关责任方可能会面临行政处罚或民事赔偿等法律后果。

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