核心结论：在甲方发生重大变更且施工单位拒绝施工的情况下，处理方式需根据变更的性质、合同约定以及相关法律法规综合判断，具体可从以下角度处理：

1. 审查合同条款，明确变更性质与责任划分
   首先需核查施工合同中关于“工程变更”的条款（如《建设工程施工合同（示范文本）》GF-2017-0201第10.1-10.5条）。若甲方变更属于合同约定的“合理变更”（如设计调整、工程量增减等），且未超出合同范围，施工单位原则上应继续施工，但可依据合同主张工期顺延、费用补偿等权利；若变更属于“重大变更”（如改变工程性质、规模或标准），且合同未明确约定处理方式，施工单位有权要求重新协商合同条款（如调整价款、工期），甚至在协商不成时依据《民法典》第533条主张“情势变更”，请求解除或变更合同。

2. 评估变更是否构成“违约”或“不可抗力”

   • 若甲方变更系因自身原因（如资金链断裂、规划调整）且未履行合同约定的变更程序（如未提前通知、未提供变更依据），可能构成违约。施工单位可依据《民法典》第577条要求甲方承担违约责任（如赔偿停工损失、支付违约金），同时可暂停施工直至甲方履行义务。
     
   • 若变更系因不可抗力（如政策调整、自然灾害导致原设计无法实施），施工单位需依据《民法典》第180条及合同约定，与甲方协商分担风险（如延长工期、调整价款）。若协商不成，可依据《建设工程工程量清单计价规范》（GB 50500-2013）第9.11条申请第三方机构评估损失。

3. 通过法律程序解决争议
   若双方无法协商一致，施工单位可采取以下措施：

   • 发送律师函：明确拒绝施工的合法理由（如甲方未补偿变更损失），要求甲方限期整改或赔偿；
     
   • 申请工程鉴定：委托造价咨询机构对变更导致的费用增减、工期延误进行鉴定，作为后续索赔依据；
     
   • 提起诉讼/仲裁：依据合同约定的争议解决方式，主张甲方支付工程款、赔偿损失或解除合同。需注意，若施工单位擅自停工可能构成违约，需保留甲方变更导致无法施工的证据（如变更通知、现场照片、沟通记录等）。

实务建议：

• 施工单位应立即书面通知甲方停工原因及要求，避免被认定为“无故停工”；
  
• 收集并固定甲方变更的证据（如变更指令、设计图纸、会议纪要）；
  
• 优先通过协商或调解解决争议，以降低时间成本；若必须诉讼，需在合同约定的诉讼时效内（通常为3年）提起。
  

如有具体合同条款或变更细节需要分析，可直接向我提供更多信息，我会进一步结合案例与法条为您详细解答。