施工单位在面对甲方改变用地性质的情况时，应采取以下处理方式：
立即核实变更的合法性
施工单位需第一时间要求甲方提供改变用地性质的合法依据，包括但不限于：
- 政府规划部门出具的用地性质变更批复文件；
- 修改后的建设工程规划许可证；
- 土地使用权出让合同补充协议（如涉及土地用途调整）。
若甲方无法提供合法手续，施工单位应立即书面提出异议，明确拒绝在违法状态下继续施工，避免因参与违法建设被行政处罚或承担连带责任。
评估合同履行风险
根据《民法典》第533条情势变更原则，若用地性质变更导致原合同基础条件发生重大变化（如施工标准、工期、成本等），施工单位可：
- 要求协商变更合同：与甲方重新协商工程价款、工期调整等条款，并签订补充协议；
- 主张解除合同：若变更导致合同目的无法实现（如规划用途从商业变为住宅，但设计已按商业标准完成），可要求解除合同并索赔损失。
需注意：若合同中已约定“甲方有权单方变更设计”等条款，施工单位仍可主张变更超出合理范围，要求调整对价。
固定证据并启动索赔程序
若因用地性质变更导致停工、返工或材料浪费，施工单位应：
- 立即书面通知甲方停工，并留存送达证据（如EMS回执、微信记录）；
- 委托第三方机构对已完工程量、窝工损失、材料差价等进行鉴定；
- 根据合同约定或《建设工程工程量清单计价规范》计算索赔金额，向甲方提交书面索赔报告。
若甲方拒不认账，施工单位可在诉讼中申请法院委托鉴定，但需注意1年索赔时效（自知道或应当知道损失发生之日起算）。
防范行政处罚风险
若用地性质变更未获审批，施工单位可能面临：
- 规划部门对“未按照建设工程规划许可证施工”的处罚（罚款、限期拆除）；
- 住建部门对“未取得施工许可证擅自施工”的处罚（若变更后需重新办证）。
应对策略：立即停止施工，主动向行政机关说明情况，避免被认定为“明知违法仍施工”，从而减轻或免除处罚。
特别提醒：
- 施工单位切勿自行默认变更，即使甲方口头承诺“后续补手续”，也需要求书面确认并明确责任承担方式；
- 若涉及国有土地，还需关注《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第18条“土地使用者需改变土地用途的，必须取得出让方和规划部门同意”，否则合同可能无效。
如有具体文件或合同条款需要分析，可直接提供内容，我会进一步结合细节给出操作建议。