结论前置：办理施工证时提交的总包合同与实际履行的总包合同不一致，可能会引发一系列法律后果，包括但不限于行政处罚、合同效力争议以及可能导致的民事赔偿责任。以下是对这些后果的详细分析：

1. 行政处罚风险：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，建设单位在申请施工许可证时，必须提交真实、有效的总包合同。若提交的合同与实际履行的合同不一致，可能被视为提供虚假材料，从而面临行政处罚。
   • 具体后果：行政处罚可能包括罚款、责令停工整改、吊销施工许可证等，具体处罚力度会根据违规情节的严重程度而定。

2. 合同效力争议：

   • 法律分析：合同是双方意思表示一致的产物，若提交给行政部门的合同与实际履行的合同不一致，可能引发关于哪份合同具有法律效力的争议。
   • 可能情况：
     • 若实际履行的合同是双方真实意思的表示，且未违反法律、行政法规的强制性规定，则该合同可能被认定为有效。
     • 若提交给行政部门的合同被用于误导行政部门或获取不当利益，且该合同内容与实际履行情况严重不符，则该合同可能被认定为无效或部分无效。

3. 民事赔偿责任：

   • 法律基础：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同违约和侵权责任的规定，若因合同不一致导致一方遭受损失，受损方有权要求违约方或侵权方承担赔偿责任。
   • 具体情形：
     • 若因合同不一致导致工程延期、质量不达标等后果，建设单位或施工单位可能需承担相应的违约责任。
     • 若因合同不一致导致第三方（如分包商、供应商等）遭受损失，建设单位或施工单位可能需承担侵权责任。

4. 其他潜在风险：

   • 信誉损失：合同不一致可能损害建设单位或施工单位的商业信誉，影响其未来的业务合作和市场竞争力。
   • 法律诉讼：合同不一致可能引发法律诉讼，增加双方的法律成本和时间成本。

法律建议：

• 确保合同一致性：在申请施工许可证前，务必确保提交的总包合同与实际拟履行的合同内容一致，避免后续纠纷。
• 及时沟通与调整：若在实际履行过程中发现合同内容需要调整，应及时与对方沟通并签订补充协议，确保合同内容的真实性和有效性。
• 寻求法律帮助：若对合同内容或履行过程中存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。

进一步思考：在实际操作中，建设单位和施工单位应高度重视合同的签订和履行过程，确保合同内容的真实性和一致性。同时，行政部门也应加强对施工许可证申请材料的审核力度，防止虚假材料的提交和不当利益的获取。若遇到合同不一致的情况，双方应积极沟通协商，寻求妥善解决方案，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。