结论前置：公司起诉股东配合办理股权变更登记，在符合一定条件下，公司作为原告主体是适格的。以下从不同角度进行分析：
一、公司作为原告的适格性基础
股权变更登记的法律性质：
- 股权变更登记是公司登记机关对公司股权结构变动的法定记载，具有公示公信效力。它不仅是股东权利变动的重要证明，也是公司对外承担责任、保护交易安全的重要依据。
公司作为股权变更登记的直接利益相关方：
- 当股东之间或股东与公司之间发生股权转让等变动时，公司有义务根据相关法律法规和公司章程的规定，办理股权变更登记手续。若股东不配合，将直接影响公司的股权结构清晰度和对外交易的安全性，因此公司有权作为原告起诉股东要求配合办理。
二、公司起诉股东配合办理股权变更登记的具体情形
股东之间股权转让后，受让方要求公司办理变更登记：
- 在此情形下，若转让方（原股东）不配合办理变更登记，受让方作为新股东，虽然理论上也可以直接起诉转让方要求履行协助义务，但实践中，由于变更登记需公司向登记机关提交相关材料，因此公司作为直接操作方，起诉转让方要求配合办理变更登记更为直接和有效。此时，公司作为原告主体适格。
公司增资扩股或减资后，要求股东配合办理变更登记：
- 在公司增资扩股或减资过程中，若涉及股东持股比例的变动，公司同样需要办理股权变更登记手续。若相关股东不配合，公司有权起诉要求其配合。在此情形下，公司作为原告主体同样适格。
股东资格继承或赠与后，要求公司办理变更登记：
- 在股东资格因继承或赠与而发生变动时，新股东（继承人或受赠人）有权要求公司办理股权变更登记手续。若原股东或相关方不配合，公司同样可以起诉要求其配合。此时，公司作为原告主体也是适格的。
三、公司起诉股东配合办理股权变更登记的注意事项
确保起诉依据充分：
- 公司在起诉前，应确保已具备充分的起诉依据，如股权转让协议、公司章程、股东会决议等文件，以证明股权变动的事实和公司要求办理变更登记的合法性。
注意诉讼时效：
- 公司应注意诉讼时效的问题，确保在法定诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
考虑诉讼成本与效益：
- 公司在决定起诉前，应综合考虑诉讼成本与效益，包括诉讼费用、律师费用、时间成本等，以及诉讼可能带来的对公司声誉和股权结构的影响。
法律建议：若公司遇到股东不配合办理股权变更登记的情况，建议首先与股东进行协商沟通，尝试通过友好方式解决问题。若协商无果，再考虑通过法律途径解决。在起诉前，公司应充分准备相关证据材料，并咨询专业律师的意见，以确保诉讼的顺利进行和胜诉的可能性。
可能法律后果：若公司成功起诉股东并获得法院支持，股东将被迫配合公司办理股权变更登记手续。若股东仍不履行，公司可申请法院强制执行，以确保股权变更登记的完成。同时，股东还可能因不履行法院判决而承担相应的法律责任，如罚款、拘留等。