结论：当面临股东确认之诉中公司不配合办理变更登记的情况时，股东可以通过法律途径来维护自己的权益，具体包括向法院提起诉讼、申请强制执行以及考虑其他可能的法律手段。

详细分析：

1. 向法院提起诉讼：

   • 法律依据：根据《公司法》及相关司法解释，股东有权要求公司确认其股东身份，并在符合法定条件时办理相应的变更登记。若公司拒绝或怠于履行此义务，股东可以向法院提起诉讼，要求法院判决公司履行变更登记义务。
   • 诉讼准备：在提起诉讼前，股东应收集并整理好相关证据，如股东名册、出资证明、公司章程、股东会决议等，以证明自己的股东身份及应享有的权益。同时，股东还需准备起诉状，明确诉讼请求、事实和理由，并提交给有管辖权的法院。
   • 诉讼过程：法院在受理案件后，会依法进行审理，并根据事实和法律作出判决。若判决支持股东的诉讼请求，公司则需在法定期限内履行变更登记义务。

2. 申请强制执行：

   • 执行条件：若公司在判决生效后仍不履行变更登记义务，股东可以向法院申请强制执行。法院在受理执行申请后，会依法采取强制措施，如查封、扣押、拍卖公司财产等，以迫使公司履行义务。
   • 执行程序：股东需向法院提交执行申请书，并提供生效的判决书作为执行依据。法院在审查执行申请后，会依法启动执行程序，并通知公司履行义务。若公司仍不履行，法院将采取相应的强制措施。

3. 其他法律手段：

   • 协商调解：在提起诉讼或申请强制执行前，股东可以尝试与公司进行协商调解，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于节省时间和成本，并维护股东与公司之间的良好关系。
   • 投诉举报：若公司存在违法违规行为，如拒不履行法院判决、伪造股东名册等，股东可以向相关监管部门投诉举报，要求监管部门对公司进行查处。这有助于维护市场秩序和股东权益。

法律建议：

• 在处理此类纠纷时，股东应保持冷静和理性，避免采取过激行为或违法手段来维护自己的权益。
• 股东应充分了解自己的权利和义务，以及相关法律法规和司法解释的规定，以便更好地维护自己的权益。
• 若股东在处理此类纠纷时遇到困难或不确定如何操作，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

可能后果：

• 若股东通过法律途径成功维护了自己的权益，公司将被要求履行变更登记义务，股东的股东身份将得到确认和保护。
• 若股东未采取有效措施来维护自己的权益，可能会导致其股东身份无法得到确认和保护，进而影响其参与公司管理和分享公司利润的权利。