在股东转让股权而公司不配合办理手续的情况下，股东有权起诉公司，具体分析如下：

1. 有限责任公司股权转让

   • 内部股权转让：根据《中华人民共和国公司法》第七十一条第一款，有限责任公司的股东之间可以自由转让其全部或部分股权，无需公司其他股东同意。若公司无正当理由拒绝配合办理股权变更登记等手续，转让股东有权向法院起诉，要求公司履行相应义务，如办理股权变更登记等。

   • 向股东以外的人转让股权：依据《中华人民共和国公司法》第七十一条第二款、第三款，此类转让需经其他股东过半数同意，且不同意者应购买该股权；否则视为同意。若其他股东不同意且不购买股权，或公司无正当理由拒绝配合办理工商变更登记等手续，转让股东同样有权起诉公司，请求确认股权转让有效并要求公司办理相关手续。

2. 股份有限公司股权转让

   • 一般情形：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股份有限公司的股东持有的股份可以依法转让，公司一般不能限制股东转让。若公司无故不同意股东转让股份，股东可依据法律条款起诉公司，要求确认转让合法，并要求公司履行协助义务，如办理股份过户登记等。

   • 公司限制不合理的情况：若公司章程对股份转让的限制违反了法律法规的强制性规定，或限制明显不合理，阻碍了股东正常的股权转让权利，股东可以向法院起诉，请求确认该限制条款无效，并要求公司配合办理股权转让手续。

3. 诉讼主体与请求

   • 诉讼主体：在股东转让股权而公司不配合办理手续的纠纷中，通常是转让股权的股东作为原告，公司为被告。有时也可能涉及其他相关股东，如因股权转让而受到影响的股东。

   • 诉讼请求：股东的诉讼请求可能包括确认股权转让合同有效、要求公司办理股权变更登记、赔偿因阻碍股权转让而造成的损失等。若公司违反法律或章程规定，股东还可请求撤销相关股东会或董事会决议。

法律建议：

• 在起诉前，股东应充分收集相关证据，包括公司章程、股权转让协议、股东会决议、通知其他股东的书面材料等，以确保诉讼请求能够得到法院的支持。
• 股东应仔细研究公司章程和相关法律法规，确保自身权益得到合法维护。若公司章程的规定与法律法规相冲突，应以法律法规为准。
• 在处理股权转让纠纷时，股东可考虑寻求专业律师的帮助，以更准确地把握法律条款和诉讼策略，提高胜诉率。

可能法律后果：

• 若股东胜诉，法院将判决公司履行相应义务，如办理股权变更登记、赔偿损失等。若公司拒不履行判决，股东可申请法院强制执行。
• 若股东败诉，则需承担诉讼费用，并可能面临因股权转让受阻而产生的其他损失。因此，在起诉前，股东应充分评估诉讼风险，并做好相应准备。

综上所述，股东在转让股权时，若公司不配合办理手续，股东有权依据相关法律法规向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。在处理此类纠纷时，股东应谨慎行事，确保自身权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。