核心结论：在当事人超期缴纳罚款，行政机关仅催告本金而未催告滞纳金的情况下，行政机关需遵循以下程序，以确保程序的合法性与正当性：

1. 催告程序：

   • 催告内容明确性：根据《中华人民共和国行政强制法》第三十五条，行政机关在作出强制执行决定前，应当事先催告当事人履行义务。催告书应当载明履行义务的期限、方式，以及当事人依法享有的陈述权和申辩权。若仅催告本金而未提及滞纳金，需确保催告书中明确指出本金的具体金额及缴纳期限，同时说明若未按时缴纳，将依法加处滞纳金。
   • 催告方式合法性：催告应当以书面形式作出，并直接送达当事人。若当事人拒绝接收或无法直接送达，可依照民事诉讼法的规定，采用留置送达、邮寄送达或公告送达等方式。

2. 滞纳金计算与告知：

   • 滞纳金计算依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》第七十二条，当事人到期不缴纳罚款的，作出行政处罚决定的行政机关可以每日按罚款数额的百分之三加处罚款，加处罚款的数额不得超出罚款的数额。行政机关需确保滞纳金的计算准确无误，并符合法定比例。
   • 滞纳金告知义务：虽然催告书中可能未直接提及滞纳金，但行政机关在后续程序中（如作出强制执行决定前）应明确告知当事人滞纳金的存在、计算方式及可能产生的法律后果，以保障当事人的知情权。

3. 强制执行决定程序：

   • 决定作出条件：若当事人在催告期满后仍未履行缴纳本金及可能产生的滞纳金的义务，行政机关可以作出强制执行决定。强制执行决定应当以书面形式作出，并载明强制执行的理由、依据、方式、时间以及当事人依法享有的申请行政复议或提起行政诉讼的权利。
   • 决定送达与执行：强制执行决定书应当直接送达当事人。若当事人拒绝接收或无法直接送达，可依法采用其他送达方式。在决定送达后，行政机关可依法采取查封、扣押、冻结等强制措施，或申请人民法院强制执行。

4. 当事人权利保障：

   • 陈述与申辩权：当事人在收到催告书或强制执行决定书后，有权进行陈述和申辩。行政机关应当对当事人提出的事实、理由和证据进行记录、复核，并采纳合理的意见。
   • 救济途径：当事人对行政机关的催告行为、强制执行决定或滞纳金计算有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。

特殊情况处理：

• 若行政机关在催告时确实未提及滞纳金，但后续程序中当事人主动询问或提出异议，行政机关应及时补正告知，并确保滞纳金的计算与收取符合法律规定。
• 若当事人因特殊原因（如经济困难）无法按时缴纳罚款及滞纳金，可向行政机关申请延期或分期缴纳。行政机关应根据实际情况进行审查，并作出相应决定。