结论：员工在发现公司扣了员工个税但未给员工申报的情况下，确实有权要求与公司解除劳动合同关系，但这一决定应基于全面的法律分析和实际情况的考量。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：……（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；……（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。虽然该条款直接提及的是“社会保险费”，但个税的申报与缴纳同样属于用人单位的法定义务，且关乎劳动者的合法权益。若公司未履行这一义务，可视为违反了法律对用人单位的基本要求，劳动者有权依据类似原则解除劳动合同。
- 此外，根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，扣缴义务人（即用人单位）必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的期限，缴纳或者解缴税款。公司扣了员工个税但未申报，显然违反了这一规定，损害了员工的合法权益。
解除劳动合同的合理性：
- 在公司未履行个税申报义务的情况下，员工不仅可能面临税务风险（如被税务机关追缴税款、加收滞纳金或罚款等），还可能影响其个人信用记录。因此，员工有权要求公司纠正这一违法行为，并在公司拒不改正的情况下，考虑解除劳动合同。
- 解除劳动合同是员工在用人单位严重违反法律或劳动合同约定时的一种自我保护方式。在此情况下，员工可以依据相关法律法规，要求公司支付经济补偿金（如适用），并办理离职手续。
实际操作建议：
- 与公司沟通：在决定解除劳动合同前，员工应首先尝试与公司沟通，要求公司立即补报个税并解释原因。如果公司能够积极改正并承担相应责任，员工可以考虑继续履行劳动合同。
- 收集证据：如果公司拒绝改正或无法联系到公司相关负责人，员工应开始收集相关证据（如工资条、个税扣缴记录、与公司沟通的记录等），以备后续维权之需。
- 咨询专业律师：在解除劳动合同前，员工可以咨询专业律师（如我，蔡娜律师，专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域），了解具体的法律程序和可能面临的法律后果，以便做出更加明智的决策。
- 提起劳动仲裁或诉讼：如果与公司协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构提起劳动仲裁申请，要求公司支付经济补偿金、补缴个税等。如果对劳动仲裁结果不满，还可以向人民法院提起诉讼。
总结与建议：
公司扣了员工个税但未给员工申报的行为是违法的，员工有权要求公司纠正并考虑解除劳动合同。然而，在做出这一决定前，员工应充分了解相关法律法规和实际操作流程，并咨询专业律师的意见。如果决定解除劳动合同，员工应确保收集足够的证据以支持自己的主张，并按照法定程序进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。