结论前置：公司扣了员工个税但没申报，责任承担需分情况讨论，一般而言，公司作为扣缴义务人需承担主要责任，但员工也可能需承担一定责任，具体取决于实际情况。以下是对此问题的详细分析：
一、公司作为扣缴义务人的责任
根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关税法规定，公司作为个人所得税的扣缴义务人，有义务按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并按时向税务机关申报缴纳。若公司扣了员工个税但未申报，这明显违反了税法规定，公司需承担相应的法律责任。
法律后果：
税务处罚：税务机关有权对公司进行税务处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。罚款的数额根据违法情节的严重程度而定，可能达到应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的幅度（《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条）。
信用影响：公司的税务违法行为还可能影响其信用评级，进而影响其商业信誉和融资能力。
二、员工的可能责任
虽然公司作为扣缴义务人需承担主要责任，但在某些情况下，员工也可能需承担一定责任。这主要取决于员工是否知情、是否参与或协助公司逃避税务申报等行为。
具体情况分析：
员工不知情：若员工对公司未申报个税的行为完全不知情，且未从中获取任何不当利益，则员工一般无需承担法律责任。但员工有权向税务机关举报公司的违法行为，并要求公司补缴税款及滞纳金。
员工知情并参与：若员工知情并参与或协助公司逃避税务申报，如提供虚假信息、隐瞒收入等，则员工可能需与公司共同承担法律责任。这包括但不限于补缴税款、滞纳金以及可能的税务处罚。
三、建议与措施
公司层面：公司应严格遵守税法规定，按时足额代扣代缴员工个人所得税，并及时向税务机关申报缴纳。若因特殊原因无法按时申报或缴纳，应及时向税务机关说明情况并申请延期。
员工层面：员工应关注自己的个税缴纳情况，确保公司已按时足额代扣代缴。若发现公司存在未申报或未足额缴纳个税的情况，应及时向税务机关举报并要求公司补缴。同时，员工也应保留好相关证据，如工资条、个税缴纳记录等，以备不时之需。
法律途径：若公司拒绝补缴税款或承担法律责任，员工可以向税务机关举报并寻求法律援助。税务机关将依法对公司进行税务稽查和处罚，并保护员工的合法权益。
总结：公司扣了员工个税但没申报，责任承担需分情况讨论。公司作为扣缴义务人需承担主要责任，但员工在知情并参与的情况下也可能需承担一定责任。因此，建议公司和员工都应严格遵守税法规定，确保个税的按时足额缴纳和申报。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。