直接为未及时申报个税且已发放工资的员工做离职申报是不合法的。以下从不同角度进行分析：
从税务申报义务角度：
- 根据我国税收法律法规，用人单位作为个人所得税的扣缴义务人，有义务在发放工资时及时、准确地为员工申报并代扣代缴个人所得税。未及时申报个税是违反税务规定的行为，但这并不构成直接做离职申报的合法理由。
- 离职申报通常是在员工实际离职后，用人单位向税务机关报告员工离职信息，以便税务机关调整其纳税记录。在员工未实际离职的情况下，做离职申报是虚假的，可能构成税务欺诈或误导税务机关的行为。
从劳动合同关系角度：
- 员工与用人单位之间存在劳动合同关系，双方应按照合同约定履行各自的义务。在员工未提出离职且用人单位未依法解除劳动合同的情况下，单方面做离职申报是违法的，可能损害员工的合法权益。
- 如果用人单位因未及时申报个税而担心受到税务处罚，应采取积极措施补报税款并接受税务机关的处理，而不是通过做离职申报来逃避责任。
从法律后果角度：
- 如果用人单位擅自为未离职员工做离职申报，可能面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。同时，员工也可能因此遭受不必要的损失，如社保断缴、公积金提取受限等，员工有权要求用人单位承担相应的赔偿责任。
- 在极端情况下，如果用人单位的行为构成犯罪（如税务欺诈），还可能面临刑事责任的追究。
建议措施：
- 用人单位应立即补报未及时申报的个税，并接受税务机关的处理。
- 加强与员工的沟通，解释情况并道歉，以维护良好的劳动关系。
- 建立健全的税务申报和内部管理流程，确保未来不再发生类似问题。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。