结论：员工离职后公司还在进行个税申报，这一行为通常是不合法的，可能涉及操作失误或恶意行为，员工应及时采取措施维护自身权益。
一、可能的原因分析
操作失误：公司财务或人事部门在处理员工离职信息时，可能由于疏忽或流程不熟悉，未及时更新个税申报系统，导致员工离职后仍被申报个税。
恶意行为：企业可能出于虚增成本、减少纳税等不良目的，故意将已离职员工继续列入工资表进行个税申报，以规避税收监管。
二、对员工的影响
税务风险增加：虚假申报可能导致员工年度综合所得计算错误，需补缴税款或面临税务机关的核查与处罚。例如，如果公司虚报了员工的收入，员工在年度汇算清缴时可能需要补缴相应的税款和滞纳金。
其他权益受损：购房、购车、落户等与个人纳税记录挂钩的政策可能因虚假申报而受到影响。这些政策通常要求申请人提供连续的纳税记录，虚假申报可能导致记录中断或异常，从而影响申请结果。
三、员工的应对措施
与原公司沟通：
- 员工发现离职后仍被申报个税，应首先礼貌地与公司财务或人事部门联系，说明情况并要求立即停止错误申报，同时请求更正相关信息。
- 在沟通过程中，员工可以保留好相关证据，如离职证明、工资发放记录、个税申报记录等，以备后续维权之需。
利用APP申诉：
- 若公司未予理睬或处理不当，员工可通过个人所得税APP提交申诉，详细说明离职情况及申诉理由，等待税务机关的调查核实。
- 在申诉时，员工应确保提供的信息准确无误，并附上相关证据材料，以便税务机关能够迅速了解情况并作出处理。
寻求税务机关帮助：
- 如APP申诉未能解决问题或对处理结果不满，员工可直接向当地税务机关反映情况，请求协助解决。税务机关将依法进行调查并处理违规企业。
- 在向税务机关反映情况时，员工应详细陈述事实经过，并提供相关证据材料，以便税务机关能够全面了解情况并作出公正处理。
四、公司面临的法律后果
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条，编造虚假计税依据的公司将被责令限期改正，并处以五万元以下的罚款。
- 如果公司未按照规定进行个税申报，还可能面临税务机关的追缴税款、滞纳金等处罚。
刑事责任：
- 若公司虚列人员工资、进行虚假个税申报构成偷税行为，且达到法定数额标准，将可能面临刑事处罚。根据《中华人民共和国刑法》第二百零一条，逃避缴纳税款数额较大且占应纳税额百分之十以上的，可处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大且占应纳税额百分之三十以上的，可处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
五、总结与建议
员工离职后公司仍申报个税是一个不容忽视的问题，它直接关系到员工的切身利益和公司的法律责任。因此，员工在发现问题后应尽快采取行动，与公司沟通并要求更正；如公司不予配合，则应通过正规渠道向税务机关申诉或寻求法律帮助。同时，公司也应加强内部管理，确保个税申报的准确性和合规性，以避免不必要的法律风险和经济损失。
法律依据：
- 《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条：纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
- 《中华人民共和国刑法（2023修正）》第二百零一条：纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，数额较大的，依照前款的规定处罚。对多次实施前两款行为，未经处理的，按照累计数额计算。有第一款行为，经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。