员工自行缴纳社保后主张社保费损失，受仲裁时效限制，仲裁时效一般为一年，起算时间需分情况讨论，具体如下：

一、仲裁时效限制

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工自行缴纳社保后主张社保费损失，同样受到这一仲裁时效的限制。

二、仲裁时效起算时间

仲裁时效的起算时间，需根据具体情况进行判断，常见情形如下：

1. 用人单位未依法缴纳社保，员工自行缴纳后：

   • 若员工在自行缴纳社保时即知道用人单位未依法为其缴纳，则仲裁时效从员工自行缴纳社保之日起计算。
   • 若员工在自行缴纳社保后一段时间才发现用人单位未依法缴纳，则仲裁时效从员工知道或应当知道用人单位未依法缴纳之日起计算。

2. 劳动关系终止或解除后：

   • 若员工在劳动关系终止或解除后才发现用人单位未依法为其缴纳社保，导致自己自行缴纳了社保费，则仲裁时效从劳动关系终止或解除之日起计算。这是因为，在劳动关系存续期间，员工可能因各种原因（如用人单位承诺补缴、员工自身未意识到权利被侵害等）未及时主张权利，而劳动关系终止或解除后，员工通常会对自己的社保缴纳情况进行梳理和确认，此时更容易发现权利被侵害的事实。

3. 特殊情形下的起算时间：

   • 若因不可抗力或其他正当理由导致员工无法在仲裁时效期间内申请仲裁，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
   • 若员工向有关部门请求权利救济（如向劳动监察部门投诉、申请劳动争议调解等），仲裁时效中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。