离职时底薪是否会被扣除，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、正常离职情况
劳动合同期满或协商一致解除：
- 当劳动合同约定的期限届满且双方决定不再续签，或者用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同时，用人单位应按员工实际工作时间和约定工资标准足额支付工资，包括底薪部分，不得克扣。
提前通知解除劳动合同：
- 劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期内提前三日通知），可以解除劳动合同。在此情况下，用人单位应正常结算工资，包括底薪。例如，若员工月底薪为5000元，且已正常工作至离职日，公司应支付全额底薪。
二、非正常离职情况
违反服务期或竞业限制约定：
- 若劳动者违反与用人单位约定的服务期或竞业限制条款，需按约定支付违约金。违约金可从工资中扣除，但扣除部分不得超过法定限额，且底薪作为工资的一部分，也可能受到一定影响。不过，这并不意味着底薪会被全额扣除，而是根据违约情况和合同约定进行合理扣除。
因劳动者原因给用人单位造成经济损失：
- 劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按劳动合同约定要求其赔偿经济损失。赔偿可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。这意味着，即使需要赔偿，底薪的扣除也受到严格限制。
未履行提前通知义务或工作交接不完整：
- 劳动者未按合同或法律规定提前通知雇主即离职，或离职时未能妥善完成工作交接，可能会面临经济处罚。该处罚通常会从最后一个月工资中扣除，但扣除部分应合理且符合法律规定，不应随意扣除底薪。
三、法律保障与维权建议
- 法律保障：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当在员工离职时结清其工资，包括底薪部分。任何无故扣除底薪的行为都是违法的。
- 维权建议：如果用人单位在员工离职时未按照劳动合同的约定支付底薪或其他应得工资，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位沟通，寻求和解。
- 向劳动保障行政部门投诉：若协商无果，可以向当地劳动保障行政部门投诉，寻求行政帮助。
- 申请劳动仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径解决争议。
四、具体计算与示例
- 工资计算：离职时工资的计算通常基于员工的基本工资（即底薪）和实际出勤天数。具体计算方法为：月底薪÷21.75×实际出勤天数（21.75为一年中的工作日平均到每个月的数字）。例如，若员工月底薪为5000元，实际出勤天数为15天，则应得底薪为：5000÷21.75×15≈3448.28元。
总结来说，离职时底薪是否会被扣除取决于离职的具体情况和劳动合同的约定。在正常情况下，员工应能拿到全额底薪；但在某些特定情形下，如违反服务期或竞业限制约定、因个人原因给用人单位造成经济损失等，底薪可能会受到一定影响。不过，任何扣除都应合理且符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。