在处理机动车在非机动车道直行与右转机动车发生碰撞的责任判定问题时，我们需要综合考虑多个因素，包括双方的具体行为、过错程度以及交通法规的相关规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、责任判定的基本原则

首先，我们要明确的是，机动车应当在机动车道内行驶，这是《中华人民共和国道路交通安全法》所明确规定的基本交通规则。因此，如果机动车违法驶入非机动车道，这一行为本身就会成为责任认定的一个重要考量因素。同时，根据“转弯让直行”的原则，右转机动车在转弯时应当礼让直行的车辆，包括在非机动车道内直行的机动车（尽管这种行为本身是不合法的，但在事故责任判定中仍需考虑）。

二、具体责任分析

1. 机动车违法驶入非机动车道：

   • 如果右转机动车按照交通规则正常行驶，没有超速、抢行等违法行为，而机动车违反规定驶入非机动车道导致碰撞，那么违法驶入非机动车道的机动车通常要承担主要责任甚至全部责任。因为这一行为直接干扰了非机动车道的正常通行秩序，增加了事故发生的风险。

2. 右转机动车存在违法行为：

   • 如果右转机动车在右转过程中存在未按规定让行、超速、右转时未开启转向灯等违法行为，即使机动车在非机动车道行驶存在过错，右转机动车也需要承担相应的责任。这种情况下，双方可能会被判定为同等责任或者主次责任，具体要看双方违法行为对事故发生的作用大小。例如，如果右转机动车未按规定让行直行车辆，导致碰撞发生，那么右转机动车将承担主要责任。

3. 双方都存在违法行为：

   • 当机动车在非机动车道行驶的同时，右转机动车也存在违反交通规则的行为时，双方都对事故的发生起到了一定的作用。此时，责任的划分会更加复杂，需要具体考虑双方的过错程度和事故发生的具体情况。一般可能会判定为同等责任或者主次责任，具体的责任比例会根据各自违法行为的严重程度和对事故发生的影响力来确定。

三、责任判定的法律依据与流程

在处理此类交通事故时，公安机关交通管理部门将根据《道路交通事故处理程序规定》等相关法律法规，通过事故现场勘查、当事人陈述、证人证言、监控视频等证据来综合判断双方的责任。事故发生后，双方应及时报警并保护现场证据，以便后续的责任认定和赔偿处理。交警将出具交通事故认定书，明确责任划分。

四、建议与总结

1. 严格遵守交通规则：驾驶员应严格遵守交通规则，确保机动车在机动车道内行驶，避免违法驶入非机动车道。同时，右转机动车在转弯时应礼让直行车辆，确保安全。

2. 保持冷静与理性：在事故发生后，双方应保持冷静与理性，避免情绪化行为导致事态升级。如果可能的话，可以尝试协商处理赔偿事宜。

3. 及时报警并保护现场：如果双方对责任有争议或无法协商一致时，应立即报警并保护现场证据。等待交警到场处理并出具交通事故认定书。

综上所述，机动车在非机动车道直行与右转机动车发生碰撞的责任判定是一个综合考量的过程。建议驾驶员严格遵守交通规则，确保道路安全，并在事故发生后及时报警并保护现场证据以便后续处理。