在既有承包协议又有工资争议的情况下，劳动仲裁的处理需根据实际法律关系分情况讨论，具体分析如下：
1. 若实际法律关系为劳动关系
- 核心依据：根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，因确认劳动关系、追索劳动报酬等发生的争议属于劳动仲裁受案范围。即使双方签订了承包协议，若实际符合劳动关系特征（如用人单位对劳动者进行管理、劳动者提供劳动是用人单位业务组成部分等），仍可能被认定为劳动关系。
- 处理方式：
- 仲裁请求：可同时主张确认劳动关系、支付拖欠工资及经济补偿（如未签劳动合同的双倍工资差额、违法解除赔偿金等）。
- 证据要求：需提供工作证、考勤记录、工资转账记录、工作安排通知等证明存在劳动管理的证据，以推翻承包协议的表面约定。
- 风险提示：若承包协议被认定为“以合法形式掩盖非法目的”（如规避社保缴纳义务），可能被认定无效，但需结合具体条款和履行情况判断。
2. 若实际法律关系为承揽合同关系
- 核心依据：根据《民法典》第七百七十条，承揽合同是承揽人完成工作并交付成果，定作人支付报酬的合同。若双方符合承揽关系特征（如承揽人自主安排工作、自行承担经营风险等），则不适用劳动法。
- 处理方式：
- 争议类型：此时争议属于民事合同纠纷，需通过法院诉讼解决（劳动仲裁不受理承揽合同纠纷）。
- 请求内容：可主张支付承揽报酬、违约金或赔偿损失（如因定作人原因导致工作成果毁损的损失）。
- 证据要求：需提供承包协议、工作成果交付记录、报酬支付约定等证明承揽关系的证据。
3. 关键区分点：劳动关系与承揽关系的核心差异
| **维度** |
**劳动关系** |
**承揽关系** |
| 控制程度 |
用人单位对工作时间、地点、方式强控制 |
承揽人自主安排，定作人仅要求成果 |
| 风险承担 |
劳动者不承担经营风险 |
承揽人自行承担工具、材料及风险 |
| 报酬性质 |
定期支付工资 |
一次性支付报酬（按成果结算） |
| 工具提供 |
用人单位提供 |
承揽人自备 |
4. 实务建议
- 步骤一：梳理实际履行情况（如是否接受考勤管理、是否自行承担工具费用、报酬支付周期等），明确法律关系性质。
- 步骤二：根据法律关系选择救济途径：
- 若为劳动关系 → 向劳动仲裁委申请仲裁；
- 若为承揽关系 → 向法院提起民事诉讼。
- 步骤三：收集关键证据（如工作记录、沟通记录、报酬支付凭证等），避免因证据不足导致败诉。
提示：法律关系认定需结合具体事实，建议携带承包协议及履行证据材料进一步分析。若需进一步协助，可直接向我咨询具体案件细节。