针对您提出的“员工与用人单位签订的承包合同发生争议，是申请劳动仲裁还是起诉”这一问题，我的分析如下：
承包合同纠纷的性质：
- 承包合同纠纷通常属于民事合同纠纷范畴，它并不直接等同于劳动纠纷。劳动纠纷主要涉及劳动者与用人单位之间因劳动权利义务产生的争议，而承包合同则可能涉及更广泛的商业合作和权益分配。
劳动仲裁的适用范围：
- 劳动仲裁主要适用于劳动者与用人单位之间因劳动权利义务产生的纠纷，如确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等。对于承包合同纠纷，由于其性质不属于劳动纠纷，因此一般不适用劳动仲裁。
解决承包合同纠纷的途径：
- 民事诉讼：承包合同纠纷应通过民事诉讼途径解决。当事人可以向有管辖权的法院提起诉讼，并提供承包合同等相关证据以支持自己的主张。法院会根据合同约定、法律规定等进行审理和裁判。
- 仲裁：如果承包合同中约定了仲裁条款，并且符合仲裁的条件，那么当事人可以向约定的仲裁机构申请仲裁。但需要注意的是，这种仲裁是基于合同中的仲裁条款，而非劳动仲裁。
特殊情况下的劳动关系认定：
- 在某些特殊情况下，即使签订的是承包合同，也可能被认定为劳动关系。例如，如果承包合同中明确约定了该协议视为公司与承包人签订的集体劳动合同，且承包人需遵守公司的各项规章制度，接受公司的劳动管理，那么在这种情况下，承包人可能被认定为劳动者，与用人单位之间存在劳动关系。此时，如果发生争议，可能涉及劳动仲裁。但这种情况较为特殊，需要具体分析合同内容和实际履行情况。
综上所述，对于员工与用人单位签订的承包合同发生争议的情况，一般应通过民事诉讼途径解决。如果合同中有仲裁条款且符合条件，也可以向约定的仲裁机构申请仲裁。但需要注意的是，承包合同纠纷并不直接等同于劳动纠纷，因此一般不适用劳动仲裁。如果您有具体的合同内容或争议情况需要咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况给出更详细的法律建议。