政府工程由村委会参与招标代理机构的招投标，其合法性取决于多个因素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、村委会参与招投标的合法性基础
村委会的法律地位：
- 村委会作为基层群众性自治组织，依法享有管理本村公共事务和公益事业的权力。在政府工程招投标中，村委会若作为招标人或招标代理机构的参与方，需确保其行为符合法律法规和村规民约。
招投标活动的法律要求：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招投标活动必须遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。村委会参与招投标时，应确保这些原则得到贯彻，避免出现利益输送、违规操作等行为。
二、村委会参与招投标的可能情形及合法性分析
村委会作为招标人：
- 如果政府工程由村委会负责实施，且村委会具备招标人的资格和条件，那么村委会可以依法组织招投标活动。在此情况下，村委会参与招标代理机构的招投标是合法的，但需确保招投标程序合法合规，避免出现违规操作。
村委会作为招标代理机构的参与方：
- 如果村委会与招标代理机构存在合作关系，共同参与政府工程的招投标活动，其合法性取决于合作方式和具体操作。若村委会仅作为协助方，提供必要的支持和配合，且不违反法律法规和村规民约，那么这种参与是合法的。然而，如果村委会利用职务之便谋取私利，或干预招投标活动的正常进行，则可能构成违法。
村委会成员个人参与招投标：
- 如果村委会成员个人以投标人身份参与政府工程的招投标活动，其合法性取决于是否满足投标人资格要求、是否遵循招投标程序以及是否存在利益冲突等问题。若村委会成员个人具备投标资格，且通过合法、公平、公正的竞争获得工程承包权，那么这种参与是合法的。但若存在利用职务之便谋取私利、违规操作等行为，则可能构成违法。
三、确保村委会参与招投标合法性的建议
严格遵守法律法规和村规民约：
- 村委会在参与招投标活动时，应严格遵守国家法律法规和地方政策规定，以及村规民约等相关要求，确保招投标活动的合法性和合规性。
加强内部监督和外部监管：
- 村委会应建立健全内部监督机制，对招投标活动进行全程监督，确保程序合法、公正、公开。同时，接受上级政府和相关部门的外部监管，及时报告和纠正违规行为。
提高透明度和公开性：
- 村委会在参与招投标活动时，应提高透明度和公开性，及时发布招投标信息，接受社会监督。这有助于增强公众对招投标活动的信任度，减少违规行为的发生。
咨询专业人士意见：
- 在参与招投标活动前，村委会可以咨询专业律师或相关专家的意见，了解法律法规和政策要求，确保招投标活动的合法性和合规性。
综上所述，政府工程由村委会参与招标代理机构的招投标，其合法性取决于多个因素。为确保合法性，村委会应严格遵守法律法规和村规民约，加强内部监督和外部监管，提高透明度和公开性，并在必要时咨询专业人士意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。