在合同纠纷中，若原告的经济损失需要通过鉴定程序确定但其拒绝鉴定，法院通常会根据具体情况进行如下处理：
视为放弃举证权利：
- 理由：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。若原告的经济损失需要通过专业鉴定来确定，而原告拒绝进行鉴定，这通常被视为原告未能完成其举证责任。
- 依据：在民事诉讼中，举证责任是当事人必须承担的义务。若原告无法提供充分证据证明其经济损失的具体数额，法院可能无法支持其诉讼请求。
承担不利后果：
- 理由：由于原告拒绝鉴定，导致法院无法准确认定其经济损失的具体数额，原告可能因此承担不利后果，即其诉讼请求可能被法院驳回或部分驳回。
- 依据：在民事诉讼中，若当事人未能提供充分证据支持其主张，法院将依据现有证据和法律规定作出判决。若原告无法证明其经济损失，法院可能无法认定其损失存在或无法确定损失的具体数额。
法院可能依职权启动鉴定程序（特殊情况）：
- 理由：虽然一般情况下鉴定程序需要由当事人申请启动，但在某些特殊情况下，如涉及公共利益或案件处理需要，法院也可能依职权启动鉴定程序。然而，这种情况相对较少见，且需要满足一定的条件。
- 依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在认为必要时可以依职权进行调查取证或启动鉴定程序。但这一权力行使需谨慎，且通常是在当事人无法提供充分证据或案件处理需要的情况下进行。
法律建议：
对于原告而言：
- 若经济损失确实需要通过鉴定程序来确定，应积极配合法院或相关机构进行鉴定，以提供充分证据支持其诉讼请求。
- 若对鉴定程序有异议或担忧，可以及时向法院提出，并寻求专业律师的帮助以维护自身权益。
对于被告而言：
- 若原告拒绝鉴定，可以积极利用这一事实进行抗辩，指出原告未能完成举证责任，从而争取法院驳回或部分驳回原告的诉讼请求。
- 同时，被告也应关注自身举证责任的履行，确保能够提供充分证据反驳原告的主张。
可能后果：
- 若原告拒绝鉴定且无法提供其他充分证据证明其经济损失，法院可能无法支持其诉讼请求，导致原告败诉或部分败诉。
- 若法院依职权启动鉴定程序并认定了原告的经济损失，被告可能面临承担相应赔偿责任的风险。
在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类问题时，建议当事人及时咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律建议。如果你有任何合同纠纷方面的法律问题，都可以直接向我咨询。