核心结论：在别人从你家买的馒头查出有问题，但到店里却没查出任何证据的情况下，可分以下几种情况处理：
- 若问题馒头并非出自你家店铺
- 积极沟通解释：首先，要主动与反映问题的消费者进行诚恳沟通，向其说明店里经过检查并未发现相关问题，有可能是馒头在运输、保存或者消费者自身处理过程中出现了状况，导致馒头出现问题。比如，馒头在高温环境下长时间放置可能会发霉变质，或者消费者将馒头与其他有异味、有害物质接触导致污染等。通过耐心解释，争取消费者的理解，避免矛盾进一步激化。
- 保留沟通证据：在沟通过程中，要注意保留好相关的沟通记录，如聊天记录、通话录音等。这些证据在后续可能出现的纠纷中，能够证明你已经积极履行了沟通解释的义务，有助于维护自身的合法权益。
- 寻求第三方协助：如果消费者不接受你的解释，仍然坚持认为问题出在你家店铺，你可以建议消费者共同委托有资质的第三方检测机构对问题馒头进行检测。第三方检测机构具有专业性和权威性，其检测结果能够更客观地反映馒头是否存在质量问题以及问题的根源所在。如果检测结果显示馒头问题并非由你家店铺造成，那么可以在一定程度上澄清你的店铺责任。
- 若问题馒头确实出自你家店铺，但店里未查出证据是因为检测局限性等原因
- 主动承担责任：如果经过进一步调查和确认，发现问题馒头确实是你家店铺生产的，即使店里当时未查出证据，你也应该主动承担起相应的责任。这不仅是遵守法律法规的要求，也是维护店铺声誉和消费者信任的重要举措。根据问题的严重程度，你可能需要承担退款、赔偿消费者损失等责任。例如，如果消费者因为食用问题馒头导致身体不适，产生了医疗费用等损失，你应该按照相关法律规定给予合理的赔偿。
- 全面排查整改：在承担责任的同时，要立即对店铺的生产、加工、储存等各个环节进行全面排查，找出导致馒头出现问题的原因。可能是原材料质量不佳、生产加工过程中卫生条件不达标、储存方式不当等原因。针对排查出的问题，制定详细的整改措施，并严格落实，确保类似问题不再发生。比如，如果是原材料问题，要加强对供应商的管理，严格检验原材料的质量；如果是生产加工卫生问题，要加强车间的清洁消毒工作，规范员工的操作流程等。
- 配合监管部门调查：积极配合市场监管等部门的调查工作，如实提供相关信息和资料。监管部门具有专业的调查能力和权威性，他们的调查结果有助于查明问题的真相。在配合调查过程中，要尊重监管部门的工作安排，按照要求提供必要的协助，这也有助于展示你积极解决问题的态度，争取监管部门的理解和支持。
- 若怀疑是有人恶意诬陷
- 收集证据自证清白：如果怀疑是有人恶意诬陷你家店铺，要尽快收集相关证据来证明自己的清白。可以收集店铺的生产记录、销售记录、原材料采购凭证等，这些资料能够证明店铺的生产经营活动是规范合法的。同时，留意是否有异常情况发生，比如近期是否有与店铺存在矛盾的人出现，是否有可疑人员在店铺附近徘徊等，这些信息也可能成为证明诬陷的重要线索。
- 报警处理：在掌握一定证据后，及时向公安机关报案，说明有人恶意诬陷店铺的情况。公安机关具有专业的侦查能力和手段，能够对事件进行深入调查，查明真相。如果确实是有人恶意诬陷，诬陷者将承担相应的法律责任，这不仅能够维护店铺的合法权益，也能对其他企图恶意诬陷的人起到警示作用。
在整个处理过程中，要保持冷静和理性，依法依规解决问题，避免采取过激行为导致矛盾升级。如果对相关法律问题不太清楚，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律解答和建议。