实际发放工资与电子合同不一致的情况，在法律上是不被允许的，但具体处理方式需根据不一致的原因和性质来判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
合同效力原则：
- 电子合同，作为书面合同的一种形式，具有与纸质合同同等的法律效力。合同中约定的工资条款，是双方真实意思的表示，对双方均具有约束力。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。这包括按照合同约定的工资标准支付工资。
工资支付规定：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果实际发放的工资与电子合同中的约定不一致，且这种不一致并非基于合法、合理的理由（如加班工资、奖金等额外支付），则可能构成克扣或拖欠工资，违反法律规定。
二、不一致的可能情况及处理
用人单位单方面降低工资：
- 如果用人单位未经劳动者同意，单方面降低工资标准，导致实际发放工资与电子合同不一致，这种行为是违法的。
- 劳动者有权要求用人单位按照合同约定的工资标准支付工资，并可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
劳动者对工资有异议：
- 如果劳动者认为实际发放的工资与电子合同不一致，且这种不一致并非由于自己的过错或误解造成，劳动者有权向用人单位提出异议。
- 用人单位应当及时与劳动者沟通，核实工资发放情况，并作出合理解释或纠正。如果用人单位拒绝纠正或无法给出合理解释，劳动者可以依法维护自己的权益。
合同变更或补充协议：
- 在某些情况下，双方可能通过协商一致对电子合同中的工资条款进行变更或签订补充协议。这种情况下，实际发放工资与变更后的合同或补充协议一致，是合法的。
- 但变更或补充协议应当采用书面形式，并由双方签字或盖章确认，以确保其法律效力。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果用人单位违反法律规定，克扣或拖欠劳动者工资，将面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等。
- 劳动者也有权解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金。
建议：
- 对于用人单位而言，应当严格遵守劳动合同的约定，按照合同约定的工资标准支付工资，避免违法风险。
- 对于劳动者而言，如果发现实际发放工资与电子合同不一致，应当及时与用人单位沟通核实，并保留好相关证据（如工资条、银行流水等），以便在必要时依法维护自己的权益。
总结来说，实际发放工资应当与电子合同中的约定保持一致。如果存在不一致的情况，应当根据具体原因和性质进行判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。