结论：公司没有发出处罚通知而直接依据手册进行处罚的行为，其合法性需根据具体情况判断，但通常这种做法存在法律风险，可能不合法。
分析：
程序合法性角度：
- 根据一般的公司管理原则和劳动法规定，公司在对员工进行处罚时，应当遵循一定的程序，包括但不限于告知员工违规事实、听取员工陈述和申辩、发出处罚通知等。这些程序旨在保障员工的合法权益，确保处罚的公正性和合理性。
- 如果公司未发出处罚通知而直接依据手册进行处罚，可能违反了这些程序要求，从而构成程序违法。员工有权要求公司说明处罚的依据和理由，并有权对处罚提出异议。
手册内容合法性角度：
- 公司手册作为公司内部管理规定，其内容应当符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。如果手册中的处罚条款本身存在违法或不合理之处，那么依据这些条款进行的处罚自然也是不合法的。
- 例如，如果手册中规定的处罚措施过于严厉，超出了法律法规允许的范围，或者没有明确的违规行为与处罚措施之间的对应关系，那么这样的处罚就可能被视为不合法。
员工权益保护角度：
- 员工有权了解公司的规章制度和处罚措施，并在受到处罚时享有陈述和申辩的权利。如果公司未发出处罚通知而直接处罚，就剥夺了员工的这些权利，从而可能构成对员工权益的侵犯。
- 在这种情况下，员工可以向公司提出异议，要求公司重新审查处罚决定，并有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
建议：
- 对公司而言：公司应当完善内部管理制度，确保处罚程序的合法性和公正性。在处罚员工时，应当遵循法律法规和公司手册的规定，发出明确的处罚通知，并告知员工违规事实、处罚依据和理由以及员工享有的权利。
- 对员工而言：如果员工认为公司的处罚行为不合法或不合理，应当及时向公司提出异议，并保留相关证据以备后续维权之需。如果公司不予理会或处理不当，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
可能法律后果：
- 如果公司的处罚行为被认定为不合法或不合理，可能面临劳动监察部门的处罚或员工的法律诉讼。这可能导致公司声誉受损、经济赔偿等不利后果。因此，公司应当谨慎对待处罚行为，确保合法合规。
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