国企下的子公司由政府部门代管是否合规，需结合具体情况及相关法律法规进行综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合规性的一般原则
法人独立性原则：
- 根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。这意味着子公司作为独立的法律实体，其经营管理权原则上应由子公司自身行使，包括决策、管理、运营等。
政府监管与代管的界限：
- 政府部门对国企及其子公司的监管，通常体现在政策指导、行业规范、市场监管等方面，而非直接代管子公司的日常经营管理。直接代管可能涉及对子公司法人独立性的干预，需谨慎对待。
二、合规性的具体分析
符合法律法规的情形：
- 特定授权或委托：如果政府部门基于法律法规的明确授权，或国企及其子公司通过合法程序（如股东会决议、董事会决议等）委托政府部门代管，且代管内容、期限、方式等均符合法律法规规定，那么这种代管行为可能是合规的。
- 特殊时期或紧急情况：在特殊时期（如国企改革、重组、破产等）或紧急情况下，政府部门可能出于维护社会稳定、保障公共利益等考虑，临时接管或代管子公司的部分或全部经营管理权。这种情况下，代管行为需符合相关法律法规的紧急处置程序，且事后需及时恢复子公司的正常经营管理。
可能不合规的情形：
- 无合法依据的代管：如果政府部门未经法律法规授权，也未经国企及其子公司合法程序委托，擅自代管子公司的经营管理权，那么这种代管行为可能构成对子公司法人独立性的侵犯，是不合规的。
- 超越代管权限：即使政府部门有合法依据代管子公司，但如果代管过程中超越了约定的权限范围，如擅自处置子公司资产、干预子公司正常经营决策等，也可能构成违规行为。
三、合规性建议
明确代管依据和程序：
- 如果国企及其子公司确实需要政府部门代管，应确保代管行为有明确的法律法规依据或合法程序支持，如签订代管协议、明确代管内容、期限、方式等，并报相关部门备案或审批。
保障子公司法人独立性：
- 在代管过程中，应尊重子公司的法人独立性，避免过度干预子公司的正常经营管理活动。政府部门应主要发挥监管和指导作用，而非直接参与子公司的日常运营。
加强监督和评估：
- 建立健全代管行为的监督和评估机制，定期对代管效果进行评估和反馈。如发现代管行为存在违规或不当之处，应及时纠正并追究相关责任人的责任。
总结来说，国企下的子公司由政府部门代管是否合规，需根据具体情况及相关法律法规进行综合判断。如有具体疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。