结论：合同到期后续签的合同改成综合工时制两个月能否签订，这主要取决于是否符合相关法律法规的规定以及双方协商一致的结果。以下从法律角度和实际操作角度进行详细分析。
一、法律角度
综合工时制的适用条件：
- 综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）将工作时间进行平均计算，以适应某些行业或岗位的工作特点。
- 根据《劳动法》及相关规定，实行综合计算工时工作制的，应报经劳动保障行政部门批准，并明确工时综合计算周期。未经批准，用人单位不得擅自实行综合计算工时工作制。
合同变更的合法性：
- 合同到期后续签，双方有权对原合同内容进行变更，包括工作时间的安排。
- 但变更内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定。因此，如果要将合同改为综合工时制，必须确保已经获得了劳动保障行政部门的批准，并且符合相关法律法规的规定。
双方协商一致：
- 合同的变更需要双方协商一致。即使综合工时制符合法律法规的规定，如果劳动者不同意变更，用人单位也不能单方面强制实行。
二、实际操作角度
申请批准：
- 如果用人单位希望实行综合工时制，应首先向当地劳动保障行政部门提出申请，并提交相关材料，如工作性质、工作时间安排等。
- 获得批准后，用人单位才能与劳动者协商变更合同，将工作时间改为综合工时制。
协商变更：
- 在获得批准后，用人单位应与劳动者进行协商，就综合工时制的具体安排、加班工资的计算等事项达成一致意见。
- 双方应签订书面的变更协议，明确变更的内容、生效时间等事项。
两个月期限的合理性：
- 关于综合工时制的实施期限，法律法规并没有明确规定必须为多长时间。但通常，综合工时制的实施周期会较长，以便更好地平均计算工作时间。
- 如果仅签订两个月的综合工时制合同，可能不太符合综合工时制的初衷和实际操作需求。不过，如果双方协商一致，且符合法律法规的规定，也是可以签订的。但需要注意的是，这种短期实施可能会增加管理成本和复杂性。
建议：
- 如果用人单位希望实行综合工时制，应提前向当地劳动保障行政部门提出申请，并获得批准。
- 在获得批准后，与劳动者进行充分协商，就综合工时制的具体安排达成一致意见，并签订书面的变更协议。
- 考虑到综合工时制的实施周期和实际操作需求，建议用人单位在签订合同时考虑更长的实施周期，以减少管理成本和复杂性。
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