针对年度合同到期后公司还有3个月运营期的情况，合同签订方式需结合具体场景和需求来设计，以下是分情况说明及建议：

1. 若双方希望延续原合同关系

• 签订补充协议：在原合同到期前，双方可签订《补充协议》，明确约定：
  • 原合同有效期自动顺延3个月，至新终止日期；
  • 顺延期间条款（如权利义务、费用标准等）与原合同一致，或根据实际需求调整；
  • 顺延期满后合同终止，或另行协商续签。
• 优势：操作简便，避免重新签订完整合同的繁琐流程，同时明确延续关系，减少争议风险。

2. 若双方需调整原合同条款

• 签订新合同：若运营期需变更合作内容（如服务范围、价格、支付方式等），建议签订新合同，并注明：
  • 新合同期限为3个月，自原合同到期次日起算；
  • 明确新合同与原合同的关系（如替代原合同部分条款，或独立存在）；
  • 约定新合同期满后的处理方式（如自动终止、续签条件等）。
• 优势：灵活适应新需求，避免原合同条款与实际合作产生冲突。

3. 若公司运营期存在不确定性

• 签订附条件合同：若3个月运营期可能因政策、市场等因素提前结束，可在合同中约定：
  • 合同期限为“自原合同到期次日起至公司实际停止运营之日止，但最长不超过3个月”；
  • 明确提前终止的条件（如政府要求停业、重大亏损等）及通知义务；
  • 约定提前终止时的结算方式（如按实际服务天数计费、违约金等）。
• 优势：兼顾双方利益，避免因运营期缩短导致合同履行困难。

4. 若涉及特殊行业或资质要求

• 核查合规性：若原合同涉及许可证、资质证书等（如建筑、医疗、金融等领域），需确认：
  • 顺延或续签是否需重新办理审批手续；
  • 资质有效期是否覆盖新合同期限；
  • 避免因资质问题导致合同无效或行政处罚。
• 建议：提前与主管部门沟通，确保合同签订符合行业监管要求。

关键注意事项

1. 书面形式：无论选择哪种方式，均需签订书面合同或协议，避免口头约定引发纠纷。
2. 明确终止条件：在合同中清晰约定终止情形（如期满终止、提前终止等）及后续义务（如资料返还、保密义务等）。
3. 法律审查：若合同涉及复杂条款或高风险领域，建议由律师审核，确保合法合规。

如有具体行业、合同类型或特殊需求，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。