针对您提出的“员工合同两次三年合同后，合同怎么签”的问题，这涉及到劳动合同续签及无固定期限劳动合同的相关法律规定。以下是我为您提供的详细解答：
一、合同续签的基本原则
劳动合同的续签应遵循双方协商一致的原则，即用人单位和员工在平等自愿的基础上，就合同期限、工作内容、薪资福利等条款进行协商，并达成一致意见。
二、两次三年合同后的续签情况
第三次续签的选择：
- 根据《劳动合同法》的规定，员工在连续两次签订固定期限劳动合同后，第三次续签时，除非员工主动提出签订固定期限劳动合同，否则用人单位应当与员工签订无固定期限劳动合同。
- 无固定期限劳动合同是指用人单位与员工约定无确定终止时间的劳动合同，这有助于保障员工的长期就业稳定性。
续签流程：
- 评估员工表现：在续签前，用人单位应对员工的工作表现、能力、绩效等进行综合评估，以确定是否继续留用该员工。
- 发出续签意向通知：用人单位应以书面形式向员工发出续签劳动合同的通知，明确续签意愿、新合同期限（如选择无固定期限）及变更条款（如有）。
- 协商与签订：与员工就合同条款进行充分沟通，确保双方理解一致后，签订新的劳动合同。新合同需加盖用人单位公章并由员工签字确认，双方各执一份留存。
三、特殊情况处理
员工拒绝续签：
- 如果员工因个人原因拒绝续签劳动合同，用人单位应要求员工签署《不续签劳动合同确认书》，并按照公司规定办理离职手续。在此情况下，用人单位无需支付经济补偿金，但需结清员工的工资及应得福利。
用人单位不续签：
- 如果用人单位决定不续签劳动合同，应提前30日以书面形式通知员工，并按照《劳动合同法》的规定支付经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常为员工在本单位工作的年限乘以月平均工资（N为司龄年限，月平均工资为离职前12个月的平均工资）。
四、法律风险防范
时效管理：
- 用人单位应确保在合同到期前完成续签流程，避免逾期未签引发事实劳动关系争议。
条款合法性：
- 新合同的条款应严格遵守《劳动合同法》的规定，不得违反法律法规的强制性规定，如试用期重复约定、违约金滥用等。
证据留存：
- 用人单位应妥善保存续签通知、协商记录、签字文件等材料，作为潜在争议的举证依据。
五、总结建议
- 优先匹配岗位特性：在续签合同时，用人单位应根据岗位的稳定性和项目周期选择合适的合同期限。对于核心岗位和技术型岗位，建议签订无固定期限劳动合同以保障员工的长期就业稳定性。
- 平衡双方权益：通过合理的薪资福利、晋升机会等条款设计，兼顾用人单位与员工的利益，促进双方的长期合作。
- 合规操作：严格遵守《劳动合同法》的规定，确保续签流程的合法性和合规性，降低用工风险。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。